Python 基因组学_专题 - Python中文网

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关于基因组学相关联的Python项目和问题：

获取CParserError。Pandas是否对单元格中某个值的最大大小设置了限制？

我一直试图用熊猫来分析一些基因组学数据。当读取csv时，我得到CParserError: Error tokenizing data. C error: out of memory错误，我已经缩小到导 ...

2024-04-20 已阅读: n次

将文件映射到内存

我将首先解释我的问题，因为理解我想要什么很重要：-）。在我正在开发一个python编写的管道，它使用几个外部工具来执行几个基因组学数据分析。其中一个工具可以处理非常大的fastq文件，这些文件最后不 ...

2024-04-20 已阅读: n次

如何根据资源使用情况跟踪和终止池的进程？

我正在研究一个宏基因组学流水线，我有一个进程（Prodigal），它只需要一个CPU，一次最多需要运行5个CPU。当服务器的“wa”超过0.3时，我需要终止进程池中的特定进程，或者以某种方式减少活动工 ...

2024-04-20 已阅读: n次

geopandas（python）从特定区域生成地图

我在看如何从整个墨西哥湾（GM）生成海岸线地图。我正试图绘制一个转基因图谱，包括从宏基因组学获得的结果（每个分类单元的丰度）。所以我只想知道，如何使用python提取海岸线，使用坐标，比如，-90. ...

2024-04-20 已阅读: n次

Mac OS X/Anaconda ins上的默认Orangeapp中缺少可视化工具

我最近开始玩橙色可视化环境，这是通过Python区提供的当我试图运行功能基因组学研讨会的教程时，除了最初的数据加载之外，我什么都不能打开。当我试图加载分类教程时，我看到一个名为加载方案时发生错误的对 ...

2024-04-20 已阅读: n次

生成加权随机数

嗨，我正在为一个基因组学课程做一些代码，我在某个方面遇到了困难。在我有一组互斥事件概率我想用给定的概率模拟随机抽样一个事件n次。在输入：概率={0.3，0.2，0.5}事件{e1，e2，e3} ...

2024-04-20 已阅读: n次

pypgatk

用于蛋白质基因组学分析工具包的python工具 pypgatk是ProteoGenomics Analysis Toolkit的python库的一部分。它为蛋白质基因组学数据分析提供了不同的生物信 ...

2024-04-20 已阅读: n次

genoml

Genoml核心 genoml是一种用于基因组学的自动机器学习（automl）。这是Genoml的核心包。请注意，此回购协议正在为“功能测试”开发中。这不是最终产品，只是软件逻辑的初步评估。包装网 ...

2024-04-20 已阅读: n次

omics

#经济学用于[omics]（https://en.wikipedia.org/wiki/Omics）数据分析的python包，主要关注整合基因组学。 ...

2024-04-20 已阅读: n次

GelReportModels

GelReportModels 这个项目包含了英国基因组学系统使用的几个模型。这是一个开发指南，模型文档可以在https://gelreportmodels.genomicsengland.co.uk ...

2024-04-20 已阅读: n次

Pop-Con

Pop-Con：一种在现场频谱上可视化基因型分布的工具简介 pop-con是一个工具，用于从snp和indel变体的变体调用格式（vcf）文件[1]中可视化站点频谱（sfs）的基因型剖面。我们将基 ...

2024-04-20 已阅读: n次

cancer-api

用于处理和存储癌症基因组学数据和元数据的python框架和api。此包Python名称：cancer-api 目前版本： cancer-api 0 ...

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ccg-django-utils

比较基因组学中心在我们的Django应用中使用的额外代码。 ...

2024-04-20 已阅读: n次

PyPhyloGenomics

一个研究系统基因组学的软件包。 [[开发中]] 开发人员卡洛斯·佩尼亚（电子邮件：carlos.pena@utu.fi）维克多·索利斯帕维尔马托斯克里斯小麦安装pyphylogen ...

2024-04-20 已阅读: n次

agalma

agalma是一个自动工具，它为系统基因组分析，允许复杂的系统基因组分析作为一系列高级命令。用户提供原始Illumina转录体数据，以及 agalma生成带注释的程序集，对齐的基因序列矩阵， ...

2024-04-20 已阅读: n次

episcanp

episcanpy–python中的表观基因组学单细胞分析 episcanpy是一个分析单细胞开放染色质（scatac seq）和单细胞dna甲基化（例如scbs seq）数据的工具包。episc ...

2024-04-20 已阅读: n次

menace

Menace==这套软件是从亚基因组数据中提取峰谷比的算法的基本实现，如`（Korem等人，Science，2015）和lt；http://science.sciencemag.org/content ...

2024-04-20 已阅读: n次

genemunge

用于咀嚼基因组数据的工具，例如：-在不同的基因标识符的类型.在基因本体中搜索术语（go）与关键字相关-查找家务基因和转录因子-获取与给定基因-查看基因在组织中的表达方式- 通过转换为tpm规范 ...

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morinkit

有关详细信息，请访问github存储库：https://github.com/morinlab/morinkit ...

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toil-scripts

ucsc计算基因组学实验室开发的基因组工作流程库此包Python名称：toil-scripts 目前版本： toil-scripts 2.0.11 ...

2024-04-20 已阅读: n次

genomics

Python信息基因组学高级框架3 这个图书馆收集了一系列解决信息基因组问题的有用方法。请使用命令“pip install genomics”安装库。要使用库，必须在python3外壳中键入imp ...

2024-04-20 已阅读: n次

indextools

索引工具常见索引格式，如BAM索引（BAI）和Tabix（TBI），包含沿基因组的NGS读取的密度的粗粒度信息，其可用于基于读取深度的度量的快速近似。indextools是一个基于索引文件的非常快速 ...

2024-04-20 已阅读: n次

pandoo

潘杜获取帮助： pandoo -h 作者马克B舒尔茨，安德斯·冈萨尔维斯·达席尔瓦，詹森·邝，托尔斯滕·西曼简介 pandoo是一个命令行工具，用于探索和描述细菌全基因组dna序列数据。它是 ...

2024-04-20 已阅读: n次

AltAnalyze

Altanalyze是一个非常友好的开源工具包，可用于广泛的基因组学分析。这些分析包括直接处理原始rnaseq或微阵列数据文件、利用icgs发现单细胞群体的先进方法、差异表达分析、选择性剪接/启动子/ ...

2024-04-20 已阅读: n次

bgcore

生物医学基因组学python核心库 ...

2024-04-20 已阅读: n次

cubicweb-genomics

基因组学数据立方体是脑组学项目的一部分。 ...

2024-04-20 已阅读: n次

Python 基因组学

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