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Python contigs
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关于contigs 相关联的Python项目和问题：
最新问答
我已经通过将Github目录克隆到我的主文件夹安装了PHASTER。但是，在键入命令之后
phaster.py --contigs --fasta path/to/genome.fasta
我犯了一 ...
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我试图从一个很长的列表中删除最小的异构体，因为我只想使用最长的。
我的数据如下：
comp30035 seq1 608
comp30037 seq1 265
comp3003 ...
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我已经在file1中创建了一个contigs及其长度的字典。
我还有file2，它是表格格式的blast输出，它包含重叠对齐（但不是所有对齐）和一些附加信息，比如匹配开始和结束的位置等。
为了计算查 ...
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我对卡桑德拉不熟悉，所以这个问题可能太简单了
我试图对一个具有分区键的表执行查询，该分区键由两个组件组成：refid和partid。我遇到的问题是partid的数量可能很大（并且对于不同的refid不 ...
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我对生物信息学和Snakemake都很陌生，但我正在尝试为Tn-seq数据分析建立一个自动化管道
我编写了一个脚本，读取.bedgraph文件并为每个挫伤输出单独的文件，因为我想分别分析每个挫伤。我已 ...
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我对建立蛇形档案还不熟悉，为了我的生物信息学研究，我尝试在多个样本上循环我的规则。我寻找类似的问题和答案，但我似乎无法解决这个问题。这可能是因为我还不太明白蛇毒是怎么工作的。如果你们能帮我，那就太好了 ...
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我有一个表，我想取其中的3列，节名，它的开始和结束。我使用的代码是：
Contigs = {}
with open('ecoli.gtf', 'rb') as csvfile: # Opens fil ...
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我正在将DICT和列表与此代码一起使用：
def data4circos(assembly_len, reference_len, reference_name, assembly_contigs): ...
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我需要在给定一个参考基因组的情况下，将重叠群转换成它们各自的蛋白质序列（即，我需要取一个子串，其位置在字符串上已经是已知的，并且我需要找到最近的起始密码子和终止密码子-一个写在代码中的特定3个字母的序 ...
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我有两个文件（例如：A.txt和B.txt），其中“A.txt”非常大。我希望避免将完整文件读入内存，并在合并“B.txt”中匹配的文件之前逐行读取。两个文件都有标题
我当前的代码如下所示：
impo ...
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我有一个包含如下整数的列表（不按顺序排列）：
list1 = [2,1,3]
我还有第二张这样的单子：
list2 = ['Contig_1_Length_1000','Contig_2_Lengt ...
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我对面向对象编程非常陌生，在如何管理具有相关数据的类之间的关系方面遇到了困难。你知道吗
我试图表达一些关于一系列有机体的基因组信息，我最终会比较这些信息。所以我有一个Species类：
class S ...
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最新项目
fasta索引（.fai）处理程序与samtools faidx兼容。
.fai扩展为4列，存储每个序列的a、c、g&t;计数。
用法
依赖性
python 2.7版
参数
- ...
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潘杜
获取帮助：
pandoo -h
作者
马克B舒尔茨，安德斯·冈萨尔维斯·达席尔瓦，詹森·邝，托尔斯滕·西曼
简介
pandoo是一个命令行工具，用于探索和描述细菌全基因组dna序列数据。它是 ...
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waafle
waafle（aworkflow toanotateaassembles andfindlgt events）是一种在包括人类微生物群在内的集合化基因组中发现新的lgt（侧向基因转移）事 ...
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#linkm<；b>；[此项目正在积极开发中，目前不建议公共使用。]<；b>；linkm是[bamm]的包装器（http://minillim.github.io/bamm/） ...
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目录
pyScaf
Scaffolding modes
NGS-based scaffolding
Scaffolding based on long reads
Reference-based ...
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#清洁
<；b>；[此项目正在开发中，目前不推荐用于公共用途。]<；b>；
cleam是一套改进种群基因组的工具。它提供了改进基因组完整性的方法以及识别和去除污染的方法。Cur ...
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此包的作者未提供项目说明 ...
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