oldowan.mtdna 1.0.3

安装说明

这个包是纯python的，没有标准之外的依赖项 图书馆。最简单的安装方法是使用 setuptools包。通常是这样的：

$ easy_install oldowan.mtdna

或者在类unix系统上，假设您正在安装到主python site-packages目录作为非特权用户，此：

$ sudo easy_install oldowan.mtdna

您还可以使用标准的python distutils设置方法。下载 从文件列表到本页底部的当前源存档， 把它拆开，然后安装。在MacOSX和许多其他类似Unix的系统上， 下载了存档并更改为包含此存档的目录 你的外壳，可能会像这样：

$ tar xvzf oldowan.mtdna*
$ cd oldowan.mtdna*
$ python setup.py install

快速启动

这个包以几种python友好格式提供了人工rcr。

>>> from oldowan.mtdna import rCRS
>>> from oldowan.mtdna import rCRSlist
>>> from oldowan.mtdna import rCRSplus
>>> from oldowan.mtdna import rCRSplus_positions

rCRS是作为字符串的原始序列：

>>> len(rCRS)
16569
>>> rCRS[0:10]
'GATCACAGGT'

rCRSlist是被分解成列表的rcrs序列。注意这个列表是 在0位置填充了一个无意义字符，以便索引与 标准生物序列位置编号（即从1开始而不是 0）：

>>> rCRSlist[0]
'#'
>>> rCRSlist[1]
'G'

rCRSplus是rcrs序列的部分重复。因为mtdna分子是圆形的，所以不能用线性字符串来正确地表示。如果实验获得的mtdna序列通常不跨越这个断裂，这可能不是一个大问题，但碰巧的是，线粒体基因组中最常见的测序区域（控制区域）跨越了线性序列的圆形序列通常被断裂的点。因此，rCRSplus在分子的任一端重复1000bp，以便于在断裂处进行序列比对。rCRSplus_positions列表将rCRSplus的索引重新映射到RCR的常规位置编号上。

>>> len(rCRSplus)
18638
>>> rCRSplus[1]
'A'
>>> rCRSlist[1]
'G'
>>> rCRSlist[rCRSplus_positions[1]]
'A'

最后，oldowan.mtdna包提供了从rcr中提取普通mtdna区域的索引。

>>> from oldowan.mtdna import HVR1_indices
>>> from oldowan.mtdna import HVR2_indices
>>> from oldowan.mtdna import HVR1and2_indices
>>> from oldowan.mtdna import HVR1to2_indices
>>> from oldowan.mtdna import coding_indices
>>> from oldowan.mtdna import all_indices

>>> hvr1 = ''.join(list(rCRSlist[x] for x in HVR1_indices))

发布历史记录

1.0.0（2009年3月25日）

模块的初始版本。

1.0.1（2009年3月25日）

次要版本报告修复程序

1.0.3（2015年8月4日）

这次实际修复了版本号问题