nestly 0.6.1

安装

最简单的方法是使用pip：

$ pip install nestly

或者，对于master的最新提交：

$ pip install git+git://github.com/fhcrc/nestly.git@master

Python2.7是必需的。

介绍性示例

假设您想尝试以下所有可能的组合：

为此，我们可以写一点make_nest.py。勇气是：

nest = Nest()

nest.add('strategy', ('exhaustive', 'approximate'))
nest.add('run_count', [10**i for i in xrange(3)])
nest.add('input_file', glob.glob(os.path.join(input_dir, 'file*')),
        label_func=os.path.basename)

nest.build('runs')

运行make_nest.py，您将得到如下目录树：

runs
├── approximate
│   ├── 10
│   │   ├── file1
│   │   │   └── control.json
│   │   ├── file2
│   │       └── control.json
│   ├── 100
│   │   ├── file1
│   │   │   └── control.json
│   │   ├── file2
│   │       └── control.json
│   └── 1000
│       ├── file1
│       │   └── control.json
│       ├── file2
│           └── control.json
└── exhaustive
    ├── 10
    │   ├── file1
    │   │   └── control.json
    │   ├── file2
    │       └── control.json
    ├── 100
    │   ├── file1
    │   │   └── control.json
    │   ├── file2
    │       └── control.json
    └── 1000
        ├── file1
        │   └── control.json
        ├── file2
            └── control.json

最后的control.json读数，例如：

{
    "input_file": "/Users/cmccoy/Development/nestly/examples/basic_nest/inputs/file3",
    "run_count": "1000",
    "strategy": "exhaustive"
}

然后创建的控制文件作为模板子副本的nestrun的输入，例如：

nestrun --save-cmd-file command.sh \
        --template='my_command -s {strategy} --count={run_count} {input_file}' \
        $(find runs -name "control.json")

此命令在所有tip目录中使用参数的适当值运行my_command。

这是一个“笛卡尔产品”的例子。 存储库中的“meal”示例展示了一个在嵌套之间具有更复杂依赖关系的设置。

模板

nestrun接受一个模板和一个包含变量的control.json文件列表 替代品。默认情况下，替换是使用python内置的 str.format方法。有关语法的详细信息，请参见Python Formatter documentation， 以examples/jsonrun/do_nestrun.sh为例。

SCONS集成

还有一个nestly.scons模块要与make替换SCons嵌套集成。

运行测试

运行：

python setup.py test

mock库是必需的，但如果丢失，将被下载。

纸张

McCoy Co，Gallagher A，Hoffman Ng，Matsen Fa（2013）Nestly–一个运行具有嵌套参数选择和聚合结果的软件的框架。生物信息学29:387-388。pubmed

许可证

nestly源代码在MIT License下免费提供。