MAnorm2-utils 1.0.0

为了澄清这一点，当且仅当其 中间点被样本的某个峰值区域覆盖。

配置文件箱 支持自定义 用于推导参考基因组箱和计算读取数的配置 掉进去了。在命令行中键入 这些参数的完整列表和每个参数的简要说明。 其中，有几个参数值得特别注意：

• 默认情况下， 配置文件箱 合并所有提供的芯片序列的峰值 将样本分成一组一致的峰区域，并将每个峰区域划分为宽的峰区域。 将峰值合并到连续的基因组箱中。指定 --典型的箱子大小 控制这种基因箱的大小。请注意，合并的峰值具有 与此参数相当的大小保持不变。

  缺省值 --typical bin size 为2000，非常适合 组蛋白修饰的芯片序列样本。芯片序列样品 转录因子，建议将参数设置为1000。

• 如果提供的峰值位置可用（例如， 当使用macs 1.4来调用峰值时，您可以提供 通过指定 --summits 使用此信息配置文件箱。 首脑会议的立场将被用来确定一个适当的起点 分割合并的宽峰。

• 或者，您可以直接指定一组基因组区域作为 通过将 --bin 设置为a bed 文件，将bin引用到profile。在这 案例， 配置文件箱 关注这些提供的箱，并抑制 峰值合并过程。

  --当 --指定了箱子 。

• 在分配给引用容器之前，每个读（或读对）都是 转化为代表 潜在的DNA片段。默认情况下， 配置文件箱 处理提供的 读取为单端，并通过 --shiftsize 以达到假定的中间点。 --shiftsize 默认值为100，可以设置为实际DNA片段大小的一半 在库准备过程中选择。

• 设置 --paired 以指示读取是paired end。在这种情况下， 与每个读对相关联的底层DNA片段的中点 可以准确推断。注意，两个读数来自同一芯片序列 只有当样本的 完全相同时，才将其视为读对 名称（即a bed 文件中的第4列）。

  --shiftsize 在设置 --paired 时被忽略。

• --keep dup 控制程序关于重复读取的行为 （或读对）可能由PCR扩增引起的。对于单端 读取，如果两个读取的5'端映射到 同一GE几何轨迹；对于成对的末端读取，考虑两个读取对 如果它们隐含的DNA片段占据相同的基因组 间隔。

  默认情况下， 配置文件存储箱 保留 计数程序。对端读取和深度排序 单端读取，强烈建议将 --keep dup 设置为1 提高下游分析的特异性。在这种情况下，每个人 chip seq sample一组副本中只有一个read（或read pair）是 保留用于计数。还要注意，输出日志文件记录了 示例，由于 --保持dup

• 配置文件箱支持使用配置文件 传递参数，以避免在命令行中重复键入。要做到这一点， 按照如下所示的格式编写配置文件，并 传递给 --参数

  peaks=peak1.bed,peak2.bed
  reads=read1.bed,read2.bed
  labs=s1,s2
  n=example
  summits=summit1.bed,summit2.bed
  paired
  keep-dup=1
  

  注意， --参数 可以与其他参数混合使用 命令行参数。