基因组构建坐标转换包
liftover的Python项目详细描述
python liftover实用程序
转换基因组集合之间的点坐标。
灵感来自pyliftover，初选
它提供的优点是字典式转换，如在access-converted中
通过converter[chrom][pos]坐标。
安装
通过pip安装：pip install liftover
使用量
fromliftoverimportget_lifterconverter=get_lifter('hg19','hg38')chrom='1'pos=103786442converter[chrom][pos]converter.query(chrom,pos)# alternatively create a converter directly from a chainfilefromliftoverimportChainFileconverter=ChainFile('/home/user/hg18ToHg38.over.chain.gz','hg18','hg38')converter[chrom][pos]
欢迎加入QQ群-->： 979659372
