金门等的dna悬挑设计。

goldenhinges的Python项目详细描述


golden-hinges(完整文档here)是一个python库,用于查找多部分dna组装(如golden-gate-assembly)的悬置集(也称为连接或protusions)。

给定一组约束条件(GC内容边界、悬挑之间的差异, 强制和禁止悬挑)金色铰链可以找到:

  • 有效集和相容交叠的最大集合。
  • 产生有效和 内部兼容悬挑,用于2型DNA组装。
  • 使序列 分解,在原始序列不允许的极端情况下 为了这样的分解。

信息

pip安装:

pip install goldenhinges

web文档:

https://edinburgh-genome-foundry.github.io/GoldenHinges/

github页(带示例)

https://github.com/Edinburgh-Genome-Foundry/GoldenHinges

现场演示

http://cuba.genomefoundry.org/design_overhangs

许可证:麻省理工学院,爱丁堡基因组铸造厂版权所有

更多生物软件

https://raw.githubusercontent.com/Edinburgh-Genome-Foundry/Edinburgh-Genome-Foundry.github.io/master/static/imgs/logos/egf-codon-horizontal.png

金铰链是用于dna设计、制造和验证的合成生物学软件套件的一部分。

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