创建和使用基因组图的工具
GenGraph的Python项目详细描述
生成图
用于创建和操作图形基因组的gengraph工具包的存储库
该项目旨在使基因组图的创建变得简单，并为其操作和集成到通用工作流中提供工具。
有关安装和使用说明，请参阅wiki。
快速启动
python ./gengraphTool.py make_genome_graph --seq_file <sequence_file.txt> --out_file_name <filename> --recreate_check
Docker文件也将包含第一次运行所需的所有内容。
序列文件
序列文件是一个制表符分隔的文件，有4列：
| seq_name | aln_name | seq_path | annotation_path |
|---|---|---|---|
| H37Rv | seq0 | /Users/panix/Desktop/genomes/H37Rv/sequence.fasta | NA |
| Beijing | seq1 | /Users/panix/Desktop/genomes/Beijing-NITR203/sequence.fasta | NA |
| H37Ra | seq2 | /Users/panix/Desktop/genomes/H37Ra/sequence.fasta | NA |
seq_name列用作节点和边缘“ids”属性值。它必须是独一无二的。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
