gaet 0.3.0

开始

pip install [--user] gaet

gaet assembly.gff
gaet --reference reference.gff assembly.gff

gaet是用python 3编写的。如果您愿意，有一个precompiled version of gaet在linux系统上运行。

文档

有关如何运行gaet的说明，请参见gaet(1)。见gaet-format(5) 用于描述由GAET生成的输出度量。

运行测试

gaet既有单元测试，也有特性测试。单元测试检查单个 代码中的python函数。功能测试针对 GAET的编译版本，并确保程序作为一个整体工作。

make test
make feature

成功地将请求拉到主分支上时，所有测试 通过，一个新版本的gaet将被发布到pypi，并且一个新的预编译 版本发布到S3。

使用

• funcy-功能 为python编程
• gffutils-实用程序 访问gff数据
• pyfaidx-访问 fasta数据的子串
• ruamel.yaml-主动 为python维护yaml解析

作者

• Michael Barton

许可证

此项目是根据BSD许可证授权的-请参阅 LICENSE.txt文件了解详细信息。

另请参见

• QUAST-检查 程序集或使用大小度量与引用进行比较，例如 NGA50号。
• checkm-检查 使用 基本基因。