通过校正多序列dna比对中的rip样突变来预测真菌重复序列的祖先序列。
derip2的Python项目详细描述
#derip2
通过纠正rip样突变（cpa--gt；tpa）和胞嘧啶脱氨基（c--gt；（t）事件。
*[算法综述]（\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\
选项以及用法
/>-任何列>；=70%间隙位置未更正。
-如果列为>；=10%RIP上下文。
-纠正RIP上下文之外的胞嘧啶脱氨基突变。
-从最小RIP'D序列继承所有剩余的未校正位置。
``` bash
./derip2.py--inaln myalignment.fa--format fasta\
--maxgaps 0.7\
--maxsnpnoise 0.5\
--minriplike 0.1\
--outname派生的序列.fa\
>--outalnname-aligment-outalnname-aligment-outalnnname-outalnformat-clustal-outalnformat-clustal-outalnformat-clustal-label-deripseeqname-label-deripseeqname-outdir-results-outdir-results-outdir-resulta-reaminate
---results/aligment-outalanname-outalnname-outalrname-outalnname-outalnname-outalnname-outalnname-outalnnam-outerip.aln
；标准选项
最后
[--格式{clustal，emboss，fasta，fasta-m10，ig，nexus，phylip，phylip sequential，phylip relaxed，stockholm}]
[--外部信息{俱乐部，浮雕，fasta，fasta，fasta-m10，ig，nexus，phylip，phylip sequential，phylip relaxed，斯德哥尔摩}]
[-g maxgaps][-a][--maxsnpnoise maxsnpnoise]
[--minriplike minriplike][-o outname][--outalnname outalnname]
[--label label][-d outdir]
进行多序列dna比对，并通过
校正rip like来估计前体序列突变。
BR/>可选参数：
BR/>信息：
BR/> -H，帮助显示此帮助信息并退出。
输入：
-i，--inann多序列对齐。
（必需）
--输入对齐的格式。
接受的格式：
{clustal、emboss、fasta、fasta-m10、ig、nexus、phylip、phylip sequential、phylip relaxed，斯德哥尔摩}
输出：
--label使用label作为输出文件中derip'd序列的名称。
-o，-outname将derip序列写入此文件。
-d，--outdir要写入的derip'd序列文件的目录。
--outalnname if set将包括derip序列的对齐写入此文件。
--outalinformat写入对齐，包括从derip序列到x格式文件。
接受的格式：
{clustal，emboss，fasta，fasta-m10，ig，nexus，phylip，phylip sequential，phylip relaxed，stockholm}
derip设置：
-g，最大间隙的比例最大的比例在一列中的BR/>容忍之前迫使间隙在最终DRIP序列。
-a，--在非rip上下文中重新指定正确的脱氨事件。<除去在排除RIP /脱氨基评估的列之前允许的允许冲突的单核苷酸多态性的最大比例。
即默认情况下，>；=50‘C/T’基的列将有
‘TPA’位置记录为RIP事件。
--RIP上下文中的最小脱氨事件比例
（5'cpa 3'-->；5'tpa 3'），列需要在
最终序列中导出。注：如果“铰孔”选项设置为ALl
脱氨事件将得到纠正。
```
通过纠正rip样突变（cpa--gt；tpa）和胞嘧啶脱氨基（c--gt；（t）事件。
*[算法综述]（\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\
选项以及用法
/>-任何列>；=70%间隙位置未更正。
-如果列为>；=10%RIP上下文。
-纠正RIP上下文之外的胞嘧啶脱氨基突变。
-从最小RIP'D序列继承所有剩余的未校正位置。
``` bash
./derip2.py--inaln myalignment.fa--format fasta\
--maxgaps 0.7\
--maxsnpnoise 0.5\
--minriplike 0.1\
--outname派生的序列.fa\
>--outalnname-aligment-outalnname-aligment-outalnnname-outalnformat-clustal-outalnformat-clustal-outalnformat-clustal-label-deripseeqname-label-deripseeqname-outdir-results-outdir-results-outdir-resulta-reaminate
---results/aligment-outalanname-outalnname-outalrname-outalnname-outalnname-outalnname-outalnname-outalnnam-outerip.aln
；标准选项
最后
[--格式{clustal，emboss，fasta，fasta-m10，ig，nexus，phylip，phylip sequential，phylip relaxed，stockholm}]
[--外部信息{俱乐部，浮雕，fasta，fasta，fasta-m10，ig，nexus，phylip，phylip sequential，phylip relaxed，斯德哥尔摩}]
[-g maxgaps][-a][--maxsnpnoise maxsnpnoise]
[--minriplike minriplike][-o outname][--outalnname outalnname]
[--label label][-d outdir]
进行多序列dna比对，并通过
校正rip like来估计前体序列突变。
BR/>可选参数：
BR/>信息：
BR/> -H，帮助显示此帮助信息并退出。
输入：
-i，--inann多序列对齐。
（必需）
--输入对齐的格式。
接受的格式：
{clustal、emboss、fasta、fasta-m10、ig、nexus、phylip、phylip sequential、phylip relaxed，斯德哥尔摩}
输出：
--label使用label作为输出文件中derip'd序列的名称。
-o，-outname将derip序列写入此文件。
-d，--outdir要写入的derip'd序列文件的目录。
--outalnname if set将包括derip序列的对齐写入此文件。
--outalinformat写入对齐，包括从derip序列到x格式文件。
接受的格式：
{clustal，emboss，fasta，fasta-m10，ig，nexus，phylip，phylip sequential，phylip relaxed，stockholm}
derip设置：
-g，最大间隙的比例最大的比例在一列中的BR/>容忍之前迫使间隙在最终DRIP序列。
-a，--在非rip上下文中重新指定正确的脱氨事件。<除去在排除RIP /脱氨基评估的列之前允许的允许冲突的单核苷酸多态性的最大比例。
即默认情况下，>；=50‘C/T’基的列将有
‘TPA’位置记录为RIP事件。
--RIP上下文中的最小脱氨事件比例
（5'cpa 3'-->；5'tpa 3'），列需要在
最终序列中导出。注：如果“铰孔”选项设置为ALl
脱氨事件将得到纠正。
```
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