改进种群基因组的工具箱。
cleanm的Python项目详细描述
#清洁
<；b>；[此项目正在开发中，目前不推荐用于公共用途。]<；b>；
cleam是一套改进种群基因组的工具。它提供了改进基因组完整性的方法以及识别和去除污染的方法。Currm只包含全基因组QC流水线的一部分，应该与现有的QC工具[CuCHKM]（^ {A1}）结合使用。当前计划的功能是：
<；i>；提高完整性：<；i>； *鉴定与密切相关参考基因组同源的contigs *用兼容的GC、覆盖率和四核苷酸特征识别contigs *确定应该合并在一起的部分群体基因组（需要[checkm]（https://github.com/Ecogenomics/CheckM/wiki））
<；i>；减少污染：<；i>； *对基因组中的contig进行分类以识别异常值 *识别具有不同GC含量、覆盖范围或四核苷酸特征的contigs *用暗示真核生物起源的编码密度识别contigs
##安装
安装此软件包的最简单方法是通过PIP： >；sudo pip安装cleanm
此软件包需要安装numpy并使用以下生物信息软件包：
checkm依赖于其他几个软件包：
- [浪子]（http://prodigal.ornl.gov/）：凯悦D、洛卡西奥PF、豪泽LJ、尤伯巴赫EC。2012年。基因组序列中的基因和翻译起始位点预测。&生物信息学28:2223-2230。
- [爆炸+]（http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download）：卡马乔C，库卢里斯G，阿瓦吉安V，马恩，帕帕多普洛斯J，比勒K，马登TL.2009.blast+：架构和应用程序。<；I>；BMC生物信息学<；I>；10:421:DOI:10.1186/1471-2105-10-421。
- [钻石]（http://ab.inf.uni-tuebingen.de/software/diamond/）布奇芬克B，谢C，胡森DH。2015年。使用钻石快速和敏感的蛋白质校准。<；i>；自然方法<；i>；12:59–60 doi:10.1038/nmeth.3176。
##引用
如果您觉得这个包有用，请引用这个git存储库（https://github.com/dparks1134/CleanM）
##版权所有
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