BBGLAB工具
bgvep的Python项目详细描述
读取在bgvep项目中生成的数据。 在那个项目中有两个数据集，都由 参考基因组（如hg19）和vep版本（如88）：
- 包含基因组中所有位置的vep运行的tabix文件
- 只有最严重后果类型的bgpack文件。
安装
这个项目是一个python包 可以用pip安装。 下载源代码，进入这个 项目目录和执行：
pip install .
用法
要请求一个或多个位置的输出，只需指示 染色体，你感兴趣的初始和最终位置。
通信线路使用
执行bgvep --help获取所有信息。
输出将使用制表符作为索引的分隔符打印到屏幕：
bgvep --genome hg19 --vep 88 --chromosome chr1 --begin 100000 --end 100004
添加--most-severe标志，返回最严重的结果类型 三种可能的等位基因改变。
python用法
使用bgvep的最简单方法是使用生成器get和 get_most_severe。
frombgvepimportgetfordatainget('hg19','88','chr1',100000,100004):...
然而，best使用bgvep的方法是直接使用读卡器： tabix和bgpack读取器是上下文管理器。
frombgvep.readersimportTabixwithTabix('hg19','88')asreader:fordatainreader.get('chr1',100000,100004):...
直接使用读卡器的优点是它们没有被实例化 每次通话。
输出
输出格式为：
- 染色体
- 位置
- 参考
- 交替
- 基因
- 功能
- 功能类型
- 结果
- cDNA位置
- CDS U位置
- 蛋白质位置
- 氨基酸
- 密码子
- 影响
- 距离
- 钢绞线
- 标志
- 符号
- 符号源
- hgnc_id
- 规范的
- ENSP
当请求最严重的序列类型时，将形成输出 所有可能的参考文献变化中最严重的结果类型 等位基因。顺序总是acgt，如果reference等位基因改变了， 什么都不退还。
支架
如果你有问题，请告诉我们。 您可以联系我们：bbglab@irbbarcelona.org
欢迎加入QQ群-->： 979659372
