比较DNA/RNA/蛋白质序列的无校准包装（生物信息学）。
alfp的Python项目详细描述
阿尔菲
alfpy是一个bionformatics python包，它提供了无对齐的框架 比较生物序列（DNA/RNA/蛋白质）并推断 系统发育关系。
alfpy还包含具有用户友好的命令行界面的python脚本 这使您可以将未对齐的fasta序列与40多种距离方法进行比较。
最新源代码
官方源代码库位于：https://github.com/aziele/alfpy
网站
alfpy也可以作为一个web应用程序：http://www.combio.pl/alfree
要求
- python（https://www.python.org/）版本2.7或>；=3.3
- 努比（http://www.numpy.org/）。
安装
选项1：获取最新的官方版本
使用pip安装最新的官方版本
sudo pip install alfpy
如果不允许您使用sudo，请以用户身份安装alfpy:
sudo pip install --user alfpy
选项2：获取最新的开发版本
使用这个shell命令获取它，它需要git:
git clone https://github.com/aziele/alfpy.git
如果您不想使用git，只需手动下载作为gzipped tarball的包。
打开zip包，转到目录并运行安装：
cd alfpy python setup.py install
或：
python setup.py install --user
阿尔菲用法
使用alfpy的例子可以在：http://www.combio.pl/alfree/download/找到。
测试
要运行测试，请转到alfpy源代码目录并键入：
python -m unittest discover
如果要测试特定文件（例如test_word_distance.py），请键入：
python -m unittest tests.test_word_distance
联系人
在bioinfo@amu.edu.pl或twitter @a_zielezinski上给我们留言。
许可证
阿尔菲在麻省理工学院的执照下；见LICENSE.txt。分配， 修改和再分配，并入其他软件， 几乎所有的事情都是允许的。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
