在VCF文件中绘制等位基因频率
afplot的Python项目详细描述
afplot
这是一个绘制VCF文件中等位基因频率的工具。
可用的两个主要子命令是：*regions：plot 单个区域或床位文件中的区域（可选带有边距）。* whole-genome：为 基因组。
两个子命令都有三种模式：
- histogram：这将创建一个具有内核密度图的直方图 等位基因频率。
- scatter：沿着 区域或染色体。
- distance：创建理论距离的散点图 等位基因频率，沿区域或染色体。这只会 二倍体生物常染色体的意义。
默认情况下，颜色对应于调用类型（hom_alt/ref/hom_ref）。
可以同时为 whole-genome子命令，在这种情况下，它们可以按标签分组。 当提供多个VCF文件时，绘图将根据 VCF文件。
每个VCF文件只能打印一个样本。
我们目前假设在^{tt8}中有一个AD列$ 字段。此列应包含每个等位基因的深度，其中 先参考等位基因。
所有vcf都应该用tabix索引，并且应该在 头球。
安装
afplot可通过pypi使用：pip install afplot
要求
- Python3.4+
- 单击
- 努比
- matplotlib
- 熊猫
- 肖伯恩
- 进度条2
- 皮萨姆
- PYVCF
使用量
Usage: afplot [OPTIONS] COMMAND [ARGS]...
Plot allele frequencies in VCF files.
Two basic modes exist:
- regions: Plot histogram, scatter or distance plots per
user-specified region.
- whole-genome: Plot histogram, scatter or distance plots over the
entire genome.
Options:
--help Show this message and exit.
Commands:
regions Region plots
whole-genome Whole-genome plots
示例
单个区域上的单个VCF
- afplot regions histogram -v my.vcf.gz -o output_dir -Rchr1:100-200
床上文件中的单个VCF
- afplot regions histogram -v my.vcf.gz -o output_dir -L regions.bed
单个VCF全基因组
- afplot whole-genome histogram -v my.vcf.gz -l my_label -s my_sample -o mysample.histogram.png
多个VCF全基因组
- afplot whole-genome histogram -v my1.vcf.gz -l my_label1 -s my_sample1 -v my2.vcf.gz -l my_label2 -s my_sample2 -o both_samples.histogram.png
可以通过提供相同的标签来对样本进行分组 样品。例如
- afplot whole-genome histogram -v 1.vcf.gz -v 2.vcf.gz -v 3.vcf.gz -v 4.vcf.gz -l group1 -l group1 -l group2 -l group2 [...]
不包括全基因组上的contigs
在某些情况下，您可能不想绘制所有contig。例如， 当VCF头包含许多未放置的小控件时。这可能是 通过向-e标志提供regex模式来实现。例如， 所有包含“gl”的contig都可以通过执行以下操作过滤掉：
- afplot whole-genome[...]-e'.*gl.*'
变更日志
0.2
整个命令行接口已更改为使用click，而不是 常规argparse的。这允许更复杂的cli。而不是 绘图模式的标志，afplot现在使用子命令。
当cli发生更改时，afplot的内部 经过重构，旧式（0.1版）api现在仍然保留。 这在将来可能会被弃用。
添加了对打印区域的支持。区域打印输出 目录，而不是单个文件。
许可证
麻省理工学院
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