aakbar——氨基酸k-mer标记工具
aakbar的Python项目详细描述
氨基酸k-mer工具，用于创建、搜索和分析来自基因组或dna读取的系统发育特征。
先决条件
需要64位Python3.4或更高版本。建议使用8 GB或更大的内存。
aakbar的python依赖项是：biopython，click>；=5.0，click_plugins numpy，pandas，pyfaidx， 还有皮亚姆。运行这些示例还需要pyfastaq https://pypi.python.org/pypi/pyfastaq 包裹。
如果您没有安装满足这些要求的python，我建议您 Python<；https://www.continum.io/downloads>；在MacOSX和Windows上实现平滑 以及预安装的软件包。一旦安装了Python， 您可以在macosx上获得这样的依赖项：
export PATH=~/anaconda/bin:${PATH} # you might want to put this in your .profile
conda install click
conda install --channel https://conda.anaconda.org/IOOS click-plugins
conda install --channel https://conda.anaconda.org/bioconda pyfaidx
conda install --channel https://conda.anaconda.org/bioconda pyfastaq # only required for examples
安装
这个软件包在Linux和MacOS下使用Python3.5进行测试，可从PyPI获得。到 通过pip（或某些发行版下的pip3）安装：
pip install aakbar
如果您希望开发aakbar，请下载release 在顶级目录中：
pip install --editable .
如果希望直接从git安装pip，请使用以下命令：
pip install git+https://github.com/ncgr/aakbar.git
用法
安装程序将一个名为aakbar的脚本放在您的路径中。使用格式为：
aakbar [GLOBALOPTIONS] COMMAND [COMMANDOPTIONS] [ARGS]
命令列表可通过aakbar --help获得。当前可用的命令是：
| calculate_peptide_terms | Write peptide terms and histograms. |
| conserved_signature_stats | Stats on signatures found in all input genomes. |
| define_set | Define an identifier and directory for a set. |
| define_summary | Define summary directory and label. |
| demo_simplicity | Demo self-provided simplicity outputs. |
| filter_peptide_terms | Remove high-simplicity terms. |
| init_config_file | Initialize a configuration file. |
| install_demo_scripts | Copy demo scripts to the current directory. |
| intersect_peptide_terms | Find intersecting terms from multiple sets. |
| label_set | Define label associated with a set. |
| peptide_simplicity_mask | Lower-case high-simplicity regions in FASTA. |
| search_peptide_occurrances | Find signatures in peptide space. |
| set_letterfreq_window | Define size of letterfreq window. |
| set_plot_type | Define label associated with a set. |
| set_simplicity_object | Select simplicity-calculation object. |
| show_config | Print location and contents of config file. |
| show_context_object | Print the global context object. |
| test_logging | Logs at different severity levels. |
示例
bash脚本，实现计算和使用 硬壁菌和链球菌，连同从genbank下载的数据，将 在发出命令时在（空）当前工作目录中创建：
aakbar install_demo_files
在Linux和MacOS上，按照说明运行演示。在Windows上，您将 需要安装bash，脚本才能工作。
许可证
aakbar是在bsd许可证下发布的。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
