在Shell中格式化Snakemake输入文件我正在使用snakemake管道来运行GATKMarkDuplicate命令,该命令包含来自不同读取组的多个输入bam文件 rule mark_duplicates: input: ...2024-03-29 已阅读: n次
如何解决samtools\u index的MissingOutputException问题我编写了从fastp到gatk\u bqsr的snakemake流,然后在规则索引\u bqsr中遇到了这个问题: Submitted job 440 with external jobid 'You ...2024-03-29 已阅读: n次
将python中由换行符分隔的字符串文件解析为json数组我有一个名为path_text.txt的文件,其内容是由换行符分隔的两个字符串: /gp/oi/eu/gatk/inputs/NA12878_24RG_med.hg38.bam /gp/oi/eu/ ...2024-03-29 已阅读: n次
在一个大型应用程序中捆绑多个独立但相关的python工具我一直在寻找实现这一目标的方法,但没有找到 我有多个python脚本,其中一些是预处理实用工具,一些执行数据分析,一些创建可视化。它们都是相关的,但可能是依赖的,也可能不是依赖的,并且可能有单独的输入 ...2024-03-29 已阅读: n次
使Python脚本与linux包结合,便于为endus安装我编写了一个python脚本,它使用numpy、multiprocessing、tqdm和feq其他python库。另外,我运行的软件包(例如samtools、bwa、GATK)都是在linux中安装 ...2024-03-29 已阅读: n次
gsalibgsalib使得python用户可以轻松地分析由broad institute的基因组分析工具包(gatk)创建的度量报告。broad提供了一个名为gsalib的r库,允许您将gatkreport文件 ...2024-03-29 已阅读: n次