使Python脚本与linux包结合，便于为endus安装

Question

我编写了一个python脚本，它使用numpy、multiprocessing、tqdm和feq其他python库。另外，我运行的软件包（例如samtools、bwa、GATK）都是在linux中安装所必需的（apt-get-install）。在

我想以某种方式包装所有这些依赖关系，使最终安装尽可能的用户友好和稳定。在

在这里，python似乎不包括在python包中。在

也许Docker或创建一个包含所有这些依赖关系的conda环境是可能的，但我并没有真正了解如何管理这些。在

Answer 1

我不会把软件安装到某台计算机/服务器上，因为它可能会破坏运行在该系统上的其他软件。（尽管不能省略使用pip安装软件包）。相反，我将创建一个deb包并设置软件必须安装的依赖项，以指导用户完成安装。在

1。创建deb目录结构
目录deb包含包的最终脚本/二进制文件。source有你的python代码。在

$ cd $HOME/path/to/some/directory
$ mkdir -p ./deb/DEBIAN ./source
$ touch ./Makefile ./source/Makefile ./deb/DEBIAN/{control,preinst} ./source/hello-world.py
$ chmod +x ./deb/DEBIAN/preinst

2。添加文件
下面我添加了每个文件的内容。你应该能够根据你的需要来实施它。在

/Makefile：此文件负责生成源和deb。在

^{pr2}$

/deb/DEBIAN/control：DEBIAN包管理器的控制文件。在

^{3}$

/deb/DEBIAN/preinst：可以在其中安装python包的文件。它在安装hello-world.py之前运行。同样，确保你不只是（重新）安装/更新一个库。它可能会导致其他软件的不兼容问题。在

#! /bin/bash
echo "pip install something"

/source/Makefile：我用来测试此设置的文件。在

MYFILE=hello-world.py
all:
        @echo "#!/usr/bin/python\n\
        print('Hello world!')" > $(MYFILE)
        @chmod +x $(MYFILE)
clean:
        @rm $(MYFILE)

3。安装和拆卸 安装非常简单，只需使用dpkg。

dpkg -i hello-world.deb # for installation
dpkg -r hello-world     # for removal

一个很好的特性是您不必担心软件的版本，因为它是在control文件中完成的。如果您有兴趣阅读更多内容，Debian的tutorial相当不错。在

Answer 2

第三方软件在Linux中使用的最具包容性的方法是提供一个脚本（或者一个运行脚本的GUI前端）来运行所有必要的命令。在

更可取的是，您可以以特定发行版的包格式发送。这将确保系统的包管理器持续跟踪您的依赖项，但代价是仅限于特定的发行版（或一系列相关发行版），并且必须确保您的依赖项也以相同的格式提供给用户。在

有些发行版提供了其他依赖于系统上存在的子系统的方法；例如，通过同名子系统运行的Canonical offers a "snap" distribution format。这里的优点和缺点来自这样一个事实，即这样的环境将您的程序与系统的其他部分隔离开来：在子系统支持的每个地方运行，而不关心包冲突，代价是必须潜在地捆绑所有依赖项（从而失去对它们的免费维护）以及对程序的严格限制可以使用系统中的其他地方并与之交互。在

Answer 3

我认为一个好的起点应该是一个Dockerfile，从一个Ubuntu映像开始，然后安装所需的依赖项（samtools，bwa）以及python包（放在要求.txt)在

• pip freeze > requirements.txt以获得所需的python包（numpy、tqdm等）

• 创建一个Dockerfile（它与要求.txt)例如：

  FROM ubuntu:16.04
  
  RUN apt-get update && \
  apt-get upgrade -y && \
  apt-get install -y python && \
  apt-get install -y wget \
  curl \
  bc \
  unzip \
  less \
  bedtools \
  samtools \
  openjdk-8-jdk \
  tabix \
  bwa\
  python-pip\
  software-properties-common && \
  apt-get -y clean  && \
  apt-get -y autoclean  && \
  apt-get -y autoremove
  
  RUN mkdir -p /usr/src/app
  
  WORKDIR /usr/srv/app
  
  COPY . /usr/srv/app
  
  RUN pip install -r requirements.txt
  
  CMD ["/bin/bash"]
  

• 构建docker映像docker built tag repository/imagename .（DOT是当前目录）

• 开始图像docker run -dti name test repository/imagename
• 进入容器开始工作docker attach test
• 如您所见，我测试了它，在容器中我有所有想要的工具和包

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• 如果要添加新工具，只需将它们添加到Dockerfile中，如果要添加python包，只需展开要求.txt文件。

• 如果您有一个python脚本可以执行某些操作，并且需要将其包含到Docker容器中，只需将它与Dockerfile和要求.txt并更新Dockerfile（为了有一个启动python脚本的容器），在Dockerfile中，最后一行将是CMD [ "python", "./my_script.py" ]