python版本的r gsalib将gatk报表读入pandas数据帧
gsalib的Python项目详细描述
gsalib使得python用户可以轻松地分析由broad institute的基因组分析工具包（gatk）创建的度量报告。broad提供了一个名为gsalib的r库，允许您将gatkreport文件加载到r中进行进一步的分析（https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/1244/what-is-the-gatkreport-file-format）。pythongsalib是r库的一个改编，它允许您将gatkreport文件加载到python/pandas数据帧中。
r和python版本的gsalib都不支持由Picard Tools创建的samtools.metrics报告。要使用python分析picard报告，请考虑在Crimson模块中使用picard.parse函数。
功能
- 使用强大的pandas数据框架和绘图功能分析gatk报告
- 读取gatkreport版本0.x和1.x
- 兼容python>；=2.7和>；=3.4
安装
通过运行安装gsalib。
pip install gsalib
示例
读取报表并获取表的数据帧：
from gsalib import GatkReport
report = GatkReport('/path/to/gsalib/test/test_v1.0_gatkreport.table')
table = report.tables['ExampleTable']
许可证
这个项目是根据麻省理工学院的许可证授权的。
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