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Python newick
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关于newick 相关联的Python项目和问题：
最新问答
我想更改ETE工具箱生成的输出图像上字体的方向：http://etetoolkit.org
由于某些原因，旋转和方向的改变不会影响标签，如下图所示：
在Jupiter笔记本上生成此示例的代码如下：
...
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我有一个Newick格式的层次树，例如：
(A:0.556705,(B:0.251059,C:0.251059):0.305646):0.556705;
括号表示树拓扑（分支结构/分组），数字表示分 ...
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我有一棵下面的纽维克树：
(((A,B)1,C)2,(((D,E)3,F)4,G)5,((((H,I)6,J)7；"
其中字母是叶子，数字是内部节点
我想买下面的字典
{1:（'A'，'B'），2:（ ...
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![如何使用newick格式的树字符串[Python]正确更新空的ete3.Tree对象？](/media/tags/static/images/16.png)
我正在创建一个从ete3.Tree继承的类。我想向对象添加一个newick格式的字符串，但我想不出更新对象的正确方法我希望下面的t2与t1的结构相同，所谓结构，我的意思是与我一样构建t2对象，就像我构 ...
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我在文件1的行上迭代，得到一个[IDs，Names]的列表，然后我得到了file-2，它是一个很长的字符串，我想用它来搜索匹配的ID，这些ID的格式是（例如（x66=92428482（x67:8248 ...
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我想把一个链接矩阵转换成一棵树（在接下来的步骤中将其转换为newick格式）。链接矩阵如下所示：
[[ 0. 1. 1. 2.]
[ 2. 4. 4. 3.]
[ 3. 5. 6. ...
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我使用ete2命令tree（）、.add\u child（）、.add\u sister（）等在python中绘制了一棵树。
有没有办法把这棵树转换成相应的Newick格式？你知道吗 ...
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我使用scipy.cluster.hierarchy库构建了五个不同的树状图（特别是树状图和链接），现在我需要在这五个树状图的基础上做一个一致的树状图，但我什么都没有得到。你知道吗
我曾想过将结果保存 ...
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如何为给定外群的一组物种生成所有可能的Newick树排列？在
对于那些不知道Newick树格式是什么的人，可以在以下网站上找到一个很好的描述：
https://en.wikipedia.org/wik ...
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我正在尝试使用以下代码从文件加载newick字符串：
filename = templist[1].lower().replace(" ","") + ".nwk"
tt = Tree(filenam ...
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我对肠杆菌基因组中的4个管家基因感兴趣
所以我有我的管家基因，我在NR上做了一个爆炸，下载了对齐的序列。在
我用MEGA7软件和极大似然法制作了系统发育树。bootrap法采用200次迭代。在
我将我 ...
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我有一个newick格式的系统进化树。我想根据终端节点的标签（因此基于物种列表）拉出一个子树。我正在使用的树的副本可以在这里找到：http://hgdownload.soe.ucsc.edu/gold ...
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最新项目
python newick
用于读取和写入
Newick format。
阅读newick
从字符串：
>>> from newick import loads
>& ...
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Phylovega
从python可视化vega中的系统发生树。
由vega支持的python中的声明性树可视化。
声明性语法
from phylovega import TreeChart
# C ...
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树制造商
一个python库，用于从一组分类字符串（例如分类法）创建newick格式的树。
treemaker是一个python库，用于将基于文本的分类模式转换为newick文件，以便在系统发 ...
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unix过滤器，用于操作和分析以newick格式表示的系统发生树（样本）
此包Python名称：phyltr
目前版本： phyltr 0.5.0
...
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