使用多棵树制作一棵共识树生物.phy

Question

我对肠杆菌基因组中的4个管家基因感兴趣

所以我有我的管家基因，我在NR上做了一个爆炸，下载了对齐的序列。在

我用MEGA7软件和极大似然法制作了系统发育树。bootrap法采用200次迭代。在

我将我的树导出为newick文件。在

所以现在，我有4棵树来表达我的4个管家基因。我想创建一个我的4棵树的共识树。在

就我个人而言，我试图使用生物系统学（http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.Phylo.Consensus-module.html#strict_consensus）（http://biopython.org/wiki/Phylo）。 我选择了“多数意见一致”函数，它的效果很好。但我有个问题。在

我的“剧本”是这样的：

import os

import sys

from Bio import Phylo

from Bio.Phylo.Consensus import *

fichier=sys.argv[1]

fichier2=sys.argv[2]

fichier3=sys.argv[3]

fichier4=sys.argv[4]

tree1=Phylo.read(fichier, 'newick')

tree2=Phylo.read(fichier2, 'newick')

tree3=Phylo.read(fichier3, 'newick')

tree4=Phylo.read(fichier4, 'newick')

trees=tree1,tree2,tree3,tree4

majority_tree = majority_consensus(trees, 0.5)

Phylo.draw(majority_tree)

问题是共识树依赖于顺序。 例如，当我try trees = tree1,tree2,tree3,tree4和trees = tree2,tree4,tree1,tree3时，我得到了不同的结果

有人知道从newick文件制作共识树的另一个软件吗？在

我需要Bio.Phylo的帮助。如果有人知道更多关于这个包将是伟大的。在

Answer 1

因为您没有发布newick文件，所以让我们尝试重现您的问题，这样我们就有一个Minimal, Complete, and Verifiable example来表明一致性树依赖于顺序。在

我们从以下三棵树开始：

它们以newick格式表示如下：

newicks = {1: '((A,B,C),(D,(E,F)))',
           2: '(((A,B),C),(D,(E,F)))',
           3: '((A,B,C),(E,(D,F)))'}

现在我们尝试这三棵树的所有可能的排列，创建一致性树，看看它们是否都相同：

^{pr2}$

结果：

majority consensus for order: (1, 2, 3)
                           ________________________ A
                          |
  ________________________|________________________ B
 |                        |
_|                        |________________________ C
 |
 |                         ________________________ D
 |________________________|
                          |                         ________________________ E
                          |________________________|
                                                   |________________________ F

majority consensus for order: (1, 3, 2)
                           ________________________ A
                          |
  ________________________|________________________ B
 |                        |
_|                        |________________________ C
 |
 |                         ________________________ D
 |________________________|
                          |                         ________________________ E
                          |________________________|
                                                   |________________________ F

majority consensus for order: (2, 1, 3)
                           ________________________ A
                          |
  ________________________|________________________ B
 |                        |
_|                        |________________________ C
 |
 |                         ________________________ D
 |________________________|
                          |                         ________________________ E
                          |________________________|
                                                   |________________________ F

majority consensus for order: (2, 3, 1)
                           ________________________ A
                          |
  ________________________|________________________ B
 |                        |
_|                        |________________________ C
 |
 |                         ________________________ D
 |________________________|
                          |                         ________________________ E
                          |________________________|
                                                   |________________________ F

majority consensus for order: (3, 1, 2)
                           ________________________ A
                          |
  ________________________|________________________ B
 |                        |
_|                        |________________________ C
 |
 |                         ________________________ E
 |________________________|
                          |                         ________________________ D
                          |________________________|
                                                   |________________________ F

majority consensus for order: (3, 2, 1)
                           ________________________ A
                          |
  ________________________|________________________ B
 |                        |
_|                        |________________________ C
 |
 |                         ________________________ E
 |________________________|
                          |                         ________________________ D
                          |________________________|
                                                   |________________________ F

因此，最后两棵一致树与前四棵一致树不同。在

为了理解为什么会发生这种情况，我们查看majority_consensus()的源代码。我们看到第一步是创建根类。终端clades的顺序由提供的第一个树决定。在

因此对于(tree1, tree2, tree3)，第一个提供的树是tree1，根clade是{}。但是对于(tree3, tree2, tree1)，提供的第一棵树是tree3，根clade变成{}EDF。在

因此，这是算法本身的一个限制，任何多数一致性的实现都会根据第一个提供的树给您不同的顺序。在