如何将变量文件名传递给python ete？

Question

我正在尝试使用以下代码从文件加载newick字符串：

filename = templist[1].lower().replace(" ","") + ".nwk"
tt = Tree(filename, format=1)

但得到以下错误：

^{pr2}$

我已经验证了文件格式，没问题。我想我传递变量的方式有误，你能指导我把文件名作为变量传递吗。在

当我以字符串形式传递文件名而不使用变量时，它工作正常，但我需要使用变量值来加载树。在

Answer 1

您确定format=1是正确的吗？在

根据documentation-

for named internal nodes we will use format 1

你确定你的newick树命名了内部节点吗？如果不是，请尝试不向format参数传递任何值。在

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另外，请确保文件名是文件的absolute路径，或者如果文件的相对路径，例如a.nwk，则确保文件存在于运行python脚本的目录中。在