python中vega中的交互系统发生树。

phylovega的Python项目详细描述


Phylovega

从python可视化vega中的系统发生树。

由vega支持的python中的声明性树可视化。

声明性语法

fromphylovegaimportTreeChart# Construct Vega Specificationchart=TreeChart.read_newick('tree.newick',height_scale=200,# Node attributesnode_size=200,node_color="#ccc",# Leaf attributesleaf_labels="id",# Edge attributesedge_width=2,edge_color="#000",)

交互树

使用vega语法

它是如何工作的?

phylovega定义了一个vega语法(特别是一组转换)来绘制系统发生树。

为什么?

python是一个简单的交互式系统树查看器。维加做到了 这里的大部分重物。Phylovega只是利用Vega转换规范来构建交互式可视化。

在工作中

这里有一个特性列表,这些特性最终会进入到Phylovega中。

  • 更多互动性
  • 可折叠的锁骨。
  • 圆树
  • 。(请随意添加到列表中)。

安装

使用pip

获取最新版本
pip install phylovega

通过克隆此repo并调用:

pip install -e .

依赖关系

Phylovega使用Vega4规范。它可以和Jupyterlab一起使用。

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