如何使用sys.args[]或getopts通过Python运行对齐命令

Question

如何使用sys.args[]或getopts通过python运行“MAFFT”对齐

我希望通过python自动化对齐，这样就不必对不同的文件多次使用独立的命令行MAFFT。这可能会非常耗时

理想情况下，我希望有一个函数可以做到这一点，这样就可以将不同的文件输入到这个函数中，以便进行MAFFT对齐

干杯

Answer 1

BioPython has a command line wrapper for the multiple alignment program MAFFT：

>>> from Bio.Align.Applications import MafftCommandline
>>> mafft_exe = "/opt/local/mafft"
>>> in_file = "../Doc/examples/opuntia.fasta"
>>> mafft_cline = MafftCommandline(mafft_exe, input=in_file)
>>> print(mafft_cline)
/opt/local/mafft ../Doc/examples/opuntia.fasta

如果mafft二进制文件位于路径上（通常在Unix风格的操作系统上），则不需要提供可执行文件位置：

>>> from Bio.Align.Applications import MafftCommandline
>>> in_file = "../Doc/examples/opuntia.fasta"
>>> mafft_cline = MafftCommandline(input=in_file)
>>> print(mafft_cline)
mafft ../Doc/examples/opuntia.fasta

请注意，MAFFT会将对齐写入标准输出，您可能希望将其保存到文件中，然后进行解析，例如：

stdout, stderr = mafft_cline()
with open("aligned.fasta", "w") as handle:
    handle.write(stdout)
from Bio import AlignIO
align = AlignIO.read("aligned.fasta", "fasta")

或者，要直接使用AlignIO解析输出，可以使用StringIO将字符串转换为句柄：

stdout, stderr = mafft_cline()
from StringIO import StringIO
from Bio import AlignIO
align = AlignIO.read(StringIO(stdout), "fasta")