从rna序列数据中检测和量化选择性剪接事件的工具。
spladder的Python项目详细描述
什么是加法器？
本自述文件描述了软件spladder，拼接加法器的缩写，一个工具箱。 用于基于rna序列比对数据的选择性剪接分析。简而言之， 软件采用给定的注释和标准化的rna序列读取比对 格式化，将注释转换为拼接图形表示， 用从读取的数据中提取的附加信息来扩充拼接图， 从图中提取备选剪接事件并量化事件 基于路线数据。量化的事件可以用于 差异分析。
依赖项和安装
spladder依赖python3，只需要很少的标准包。依赖项的完整列表可以在requirements.txt
我们建议使用python包管理器（如anaconda）来组织依赖项。
- 通过
pip：pip install spladder安装
- 从源安装：
- 克隆此存储库
- 在spladder根目录中，运行
make install
运行加法器
要启动Spladder并查看所有可用选项的列表，只需键入：
spladder
使用示例数据进行测试
如果从源代码安装了spladder，则可以通过调用spladder根目录中的make test来测试安装。
Matlab和Python2.7的版本
以前的spladder版本是为matlab和python提供的。自2019年以来， Matlab代码不再作为Spladder包的一部分提供。如果你是 感兴趣的Matlab代码，请下载初始版本。
如果您对能够在Python2.7下运行的Spladder的早期版本感兴趣，请使用 版本1.2.1。请注意，Python2.7代码将不再被维护。
作者
有关如何联系作者的信息可以在authors文件中找到。
许可证和免责声明
所有授权信息都可以在版权文件中找到。
文档
本自述文件仅提供基本spladder运行的高级概述。为了进一步 阅读时，请考虑SplAdder Wiki。
安装后，命令spladder将在您的路径中可用。
调用不带任何参数的spladder将打印
屏幕的命令行界面。
在构建模式下的基本调用（spladder build）中，spladder至少需要三个参数：注释文件
（via-a）、以逗号分隔的对齐文件列表（via-b）和输出
存储结果文件的目录（通过-o）。这将在它的
默认配置，包括以下步骤：
- 将注释转换为拼接图表示形式
- 通过推断和
添加以下元素：
- 插入内含子保留
- 插入盒式磁带外显子
- 插入新的简介边
- 将扩充剪接图合并为通用剪接图
- 提取以下可选拼接事件：
- 外显子跳过
- 简介保留
- 备选3'/5'拼接位置
- 多外显子跳跃
- 互斥外显子
- 量化所提供路线上的所有可选拼接事件 文件
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