bbcu.bt-flor 1.0.15

“readswithclosestartmapping对象”：

平均起始位置（“PositionAverage”对象） 外显子起始位置（表示每个外显子起始和结束坐标的数字列表） 外显子结束位置（表示每个外显子的开始和结束坐标的数字列表） exons_start_average（positionaverage对象列表） exons_end_average（位置平均对象列表）

“PositionAverage”对象：

平均（读取位置的平均值） POS中的读取总数（此位置的读取总数） 在POS中读取名称（读取名称列表）

主要程序：

输入：读取按readswithclosestartmapping（已排序的BAM文件）排序。

每次读取：

找到最近的“RealsSuffCutestTrar映射对象”或创建如果不存在

1. dt>距离CuxStestARTMAP（或不存在任何对象）的当前位置平均值：

   2.1在当前“readswithclosestartmapping object”上运行“find_positions_average”过程，其中包含exons_start_positions。 2.2在当前“readswithclosestartmapping object”上运行“find_positions_average”过程，使用exons_end_positions。 2.4运行程序“build_transcripts”（功能的实现也包括上述两个步骤） 2.3为当前ReadswithCloseStartMapping创建一个新对象，并将该读取添加到新对象。

   否则：在readswithcloseStartMapping.add嫒read（）中实现

   2.4属于当前读取的readswithclosestartmapping到最近的“readswithclosestartmapping对象”。 2.5使用readswithclosestartmapping object的read和start position运行“update_average_of_position”过程

程序“构建记录”：

输入：“readswithclosestartmapping object”，输出文件。

对于对象中的每次读取：

1. 从“exons_x_average”列表中获取属于它们的平均外显子来构建转录本。

打印到输出文件：文本的唯一列表和每个文本的读取次数。

“查找平均位置”过程（在ReadsWithCloseStartMapping对象中）：

输入：外显子x_位置（外显子开始位置或外显子结束位置），外显子x_平均值（外显子开始位置或外显子结束位置平均值）

外显子x_位置的每个i位置（在循环内动态变化）：

1. 根据i位置对reads（exons_x_positions）进行排序。

2.对于I位置的每个外显子X位置： 2.1如果不存在，则将新的位置平均对象添加到ExxsxxSalm列表 2.2如果读取的i位置在exons_x_位置接近“exons_x_平均值”列表中的i位置：

2.2.1运行程序“update_average_of_position”，其中i position of read和i position of“exons_x_average”

2.3其他：

2.3.1将读取的i位置移动到i+1位置（移动列表）

程序“更新位置平均值”（位置平均值对象）：

输入：读取（新读取添加）、读取位置、位置平均对象

1. 根据读取位置更改位置平均值： 平均值=读取位置+平均值*读取位置的总读数/（读取位置的总读数+1）
2. 用当前读取更新读取次数和读取列表positionaverage对象的名称