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Python openmm
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最新问答
我想用OpenMM添加一个包含所有残基和每个残基一个碳α原子的链。这里可以使用实例的链接openMM documentation。目前，我的pdb文件pdb file中有一个链。以下是我尝试过的：
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我是OpenMM新手，希望能就以下事项提供一些指导：
目前我对运行分子动力学模拟不感兴趣，首先我想用OpenMMs琥珀色力场计算单个原子对之间的力或自由能。基本上，我想以一个热图结束，它表示原子对之间 ...
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我知道这个问题不适合这个平台，但是如果我能得到一些提示，我可以试试
我一直在试图描绘蛋白质结构（“Chignolin”）的自由能景观。我完全没有办法做那件事了！！我创建了MD模拟轨迹文件Traject ...
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最新项目
此程序以用户友好的方式设置并运行openmm模拟
太好了。它大致相当于gromacs中的grompp/mdrun，
动态的，琥珀色的。
要安装此软件包，请运行python setup.py insta ...
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====请参阅me openmm======图片：：https://img.shields.io/travis/sqamara/seedmeopenmm.svg：目标：https://travis c ...
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使用openmm启动分子动力学模拟的命令行应用程序
一些很酷的功能
不需要编码-只是一个yaml输入文件！
智能支持不同的输入文件格式：
topology：pdb/pdbx，mol2 ...
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纳米-分子动力学
在复杂的工作空间上运行简单的分子动力学模拟。
需要有效安装openmm
安装
$ pip install nanome-molecular-dynamics
使用量
启动插件：
...
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