如何绘制蛋白质结构的自由能图？

Question

我知道这个问题不适合这个平台，但是如果我能得到一些提示，我可以试试

我一直在试图描绘蛋白质结构（“Chignolin”）的自由能景观。我完全没有办法做那件事了！！我创建了MD模拟轨迹文件Trajectory file，并使用pyemma绘制了能源景观。但我得到了错误 "" 类型错误：plot_free_energy（）接受2到20个位置参数，但给出了28个 “”

有人能找出问题所在吗？ 这是我的密码

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import mdtraj as md
from itertools import combinations
from simtk.openmm.app.topology import Topology
from simtk.openmm.app.simulation import Simulation
from simtk.openmm.app.dcdreporter import DCDReporter
from simtk.openmm.app.statedatareporter import StateDataReporter
import simtk.unit as u
import simtk.openmm as mm
import simtk.openmm.openmm as openmm
import pyemma.coordinates as coor
import pyemma

pdb = md.load('1uao_Calpha.pdb')
feat = pyemma.coordinates.data.MDFeaturizer(pdb)
feat.add_distances_ca(periodic=False)
files = pyemma.coordinates.load('traj/DESRES/CLN025-0-c-alpha/CLN025-0-c-alpha-005.dcd', features = feat)

pyemma.plots.plot_free_energy(*files.T)
plt.show()

这是另一个pdb file

Answer 1

我建议您开始阅读文档，尤其是包含Jupyter笔记本的“learn PyEMMA”部分，该部分将教您如何提取适当加权的“伪”自由能曲面。通常，这些曲面被绘制到前两个最慢动力学过程的维度中，但您也可以考虑任何其他组合。这些维度由TICA或VAMP投影定义，它们基本上是从数据中提取慢模式的方法，如果蛋白质包含折叠和罕见事件

作为初级读物，我建议首先阅读本tutorial，因为它为您提供了如何加载和处理数据以提取慢模式的简要概述。请注意，这还不包含马尔可夫状态建模，因此请进一步阅读其他示例以了解这一点