openmm命令行脚本
openmm的Python项目详细描述
此程序以用户友好的方式设置并运行openmm模拟 太好了。它大致相当于gromacs中的grompp/mdrun， 动态的，琥珀色的。
要安装此软件包，请运行python setup.py install。唯一的依赖 是python和openmm。
要获得简短的帮助，请运行openmm-h。要获得所有可用选项的帮助， 运行openmm–help all。
您需要提供坐标并指定力字段。 坐标可能来自.pdb文件。内置蛋白质力场 水模型显示在帮助文本中，您可以添加自己的 OpenMM强制字段XML文件。或者，您可以提供琥珀色 inpcrd/prmtop文件。
您可以通过命令行提供模拟选项；all 帮助文本中提供了选项。每次这个程序执行时， 它生成一个“配置文件”，您可以将其用作将来的输入 使用–config参数运行。命令行选项采用 优先于配置文件中的那些。这提供了 自定义默认选项的便捷方式。
一些不错的功能包括：
1）广泛验证选项并检查依赖项/ 选项之间的冲突。
2）报告您的模拟进度，包括以ns/天为单位的速度和 时间还剩。
3）当 使用物理单位指定选项。
- 对命令行中的输入错误提供了建议。
5）重新启动包含状态信息（坐标， 速度和单位单元向量）。
此程序是作为一个选项提供的，用户可以在没有 需要编写一个python脚本。充分利用 OpenMM作为分子领域特定语言的灵活性 动态模拟，查看位于 http://builder.openmm.org。
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