如何计算OpenMM中单个原子之间的力

Question

我是OpenMM新手，希望能就以下事项提供一些指导：

目前我对运行分子动力学模拟不感兴趣，首先我想用OpenMMs琥珀色力场计算单个原子对之间的力或自由能。基本上，我想以一个热图结束，它表示原子对之间的力，比如： 其中数字表示力的强度或自由能的值

我很难找到如何访问OpenMM的此类低级功能，在这些功能中，我可以编写一个自定义脚本，仅在提供原子及其类型的三维坐标的情况下计算所需的力。在他们的教程中，我刚刚发现了如何通过提供分子系统的力场数据和PDB文件来运行完全成熟的模拟

我最好用python来实现这一点

我们非常感谢任何具体的例子或指导

Answer 1

我在GitHub上的Openmm's issue tracker中找到了答案

简言之：在OpenMM中没有API可以精确地实现这一点，因为我试图做的并不是从纯物理/化学的角度来定义的。我的最佳选择是计算一些看起来像能量的东西，它只基于成对的原子间距离，可以从openmm状态中提取出来，就像上面提到的讨论中所建议的那样：

state = simulation.context.getState(getPositions=True)
positions = state.getPositions(asNumpy=True).value_in_unit(nanometer)