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关于pubmed 相关联的Python项目和问题：
最新问答
这让我快疯了，我已经挣扎了好几个小时了。任何帮助都将不胜感激。在
我使用PyQuery1.2.9（它构建在lxml之上）来刮取{a2}。我只想得到.linkoutlist部分中所有链接的列表。在
这是 ...
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我想获取某一特定期刊上与特定术语/主题相关的所有文章。你知道吗
我正试图通过PubMed使用Biopython中包含的Entrez包来做到这一点。
相应的高级PubMed搜索是：
（主题/术语）和“期 ...
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我正试图从PMC/Pubmed下载完整的标题/摘要数据。这是一个由来已久的问题，但stackoverflow的所有答案似乎都无法回答
一般的方法是使用Entrez包，但同样，您需要指定搜索词。此外，您 ...
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我改进了my first Python program使用f字符串而不是打印：
....
js = json.loads(data)
# here is an excerpt of my code: ...
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我正在尝试使用python和twill来自动搜索PubMed数据库，但是现在我在让一个搜索工作起来时遇到了问题。我的基本代码如下：
from twill.commands import *
go("h ...
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试图在网上搜刮PubMed，但我需要进入“第2页”通过，嗯，我不太清楚什么样的代码。你知道吗
所以，我看了这个链接：Web Scraping - Get to Page 2
而且我很肯定，它持有的答案 ...
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我想将下面的数据帧转换为将重复数据连接到一行中。例如：
data_dict={'FromTo_U': {0: 'L->R', 1: 'L->R', 2: 'S->I'},
...
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我必须执行一个Python脚本，它将大量数据拉到数据库中。当我使用命令php artisan serve运行一个项目时，它工作正常，但是在调用下面给出的公用文件夹URL之后，它抛出了一个错误
loca ...
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我正在使用urllib和ElementTree解析来自pubmed的xmlapi调用。在
例如：
#Imports Modules that can send requests to URLs
#P ...
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我在使用python时遇到了一个问题。
我有一个txt文件，里面有500篇论文的摘要，
我要做的是把这个txt文件分成500个文件，每个txt文件只包含一个摘要。
现在，我发现，对于每个摘要，在末尾都 ...
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我知道使用urllib32很容易获得href属性并请求它。但问题是，我的链接没有使用href。ut的操作由javascript处理。以下是链接：
<a name="EntrezSystem2.P ...
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我不熟悉selenium和web自动化任务，我正在尝试编写一个应用程序，使用chromedriver在PubMed上自动搜索论文
我的目标是单击PubMed主页中右上角的“登录”按钮https://w ...
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最新项目
简介
可用工具：
entrez-简化生物技术
引文-使用IMS标准为6种不同类型创建引文
日期-将日期格式化为所需格式
消毒剂-主要用于强制python2中的unicode遵从性
引文
引文基于p ...
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通过pubmed id获取文献信息，如作者、标题、期刊名、出版日期等。见https://github.com/twz915/pubmed ...
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见{a1} ...
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pubmed-lookup是一个python包，用于查找pubmed记录并使用有关科学出版物的信息创建发布对象。
源代码可以在github的mfcovington/pubmed-lookup上 ...
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安装
1从PIP安装
pip install pubmed2
2从源代码安装
git clone https://github.com/suqingdong/pubmed2.git
cd pubm ...
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这个软件正在生产中使用。
预期的开源交付将于10月14日到期。 ...
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从pubmed中的oa出版物下载pdf的python包。底层代码是从
https://github.com/billgreenwald/Pubmed-Batch-Download。默认情况下，下载的文 ...
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命令行工具获取一个或一个pubmed id或doi列表，
在PubMed中搜索相应的作者从属关系和
将信息输出到文件
命令行选项
-h, --help
Show help text
-i ...
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为PubMed生成BibTeX项的Python脚本和模块
出版物
利用TeXMed的API，一个用于PubMed的BibTeX接口
TeXMed是由Arne Muller写的https://www.b ...
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pubmed异步
pubmed api周围的异步包装器
自由软件：麻省理工学院许可证
文档：https://pubmedasync.readthedocs.io。
功能
待办事项
...
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安装
配置
迁移
用法
修订历史记录
...
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#生物废料
用python编程与远程数据库交互的web scraper
使用sqlite3对web数据进行本地缓存，以防止过多的web
交通。
到目前为止，已实现：
[uniprot]（http:/ ...
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pymed-通过python进行pubmed访问
pymed是一个python库，它通过pubmed api提供对pubmed的访问。
为什么是这个图书馆？
pubmed api没有很好的文档记录，以 ...
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文学吸气剂（垃圾吸气剂）
从生物医学参考图书馆检索文献，如PubMed、EPA的Hero和EndnoteRIS导出的导入。
自由软件：麻省理工学院许可证
文档：https://litter ...
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开始
metapub最容易使用pip安装。它完全依赖于经典python设置工具的神秘魔力：
pip install metapub
安装软件包后，您将可以使用一些 ...
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概要
medic [options] CMD FILE|PMID...
man medic
medic --help
medic --output /tmp parse baseli ...
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pubrunner
pubrunner是一个框架，用于保持文本挖掘工具在最新出版物上运行。
安装
pubrunner使用python3， ...
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从pubmed搜索和获取结果
此包Python名称：PmedConnect
目前版本： PmedConnect 0.1.3
最后维护 ...
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用于下载pubmed文章的库和工具
此包Python名称：pubMunch3
目前版本： pubMunch3 1.0.4
最后维护时 ...
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