用于格式化发布数据和从pubmed的entrez工具访问数据的工具包

pub.tools的Python项目详细描述


简介

可用工具:

  • entrez-简化生物技术
  • 引文-使用IMS标准为6种不同类型创建引文
  • 日期-将日期格式化为所需格式
  • 消毒剂-主要用于强制python2中的unicode遵从性

引文

引文基于pubmedhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK7256/定义的标准。 对于某些发布类型,传递带有true值的italicize参数将返回 带有斜体标记的日志或会议名称的HTML。

日记账

日志模块使用pmc源文件https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/journals/?format=csv 构建

更改日志

[3.0.1]-2019年8月22日

  • 日志模块重新配置为在启动时不写入磁盘

[3.0]-2019年8月12日

  • 独家支持Python3

[2.1]-未发布

  • 用抽象行为重新设计引文。
  • “italicize”选项已替换为“html”选项,不会进行任何安全转义
  • 将docstring添加到引文函数中

[2.0.2]-2019年1月25日

  • 还原safe_unicode用法,但仅适用于python 2。在python 3中不是问题
  • 如果使用“escape”参数,则取消对除title和abstract之外的所有字段的scape。这两个字段被视为html 如果escape为false,则所有其他字段均为纯文本

[2.0]-2018年10月17日

  • 支持Python2和3的六个实现[hoskins]

[1.7]-2018年5月10日

  • 重构一些entrez函数,使api端点更加明显
  • 将所有预期端点函数的docstring转换为rest
  • 添加按pmc id查找发布的功能。这是通过查询pmc数据库完成的
  • 重构稍微生成搜索查询

[1.6]-2018年3月1日

  • 修复了book rest api调用以允许失败
  • Book Rest API调用现在使用请求模块
  • isbndb.com数据库现在只提供付费服务。它应该可以工作,但我没有服务来验证这一点

[1.5]

  • 引用现在可以作为纯文本生成,而无需在日志等上添加标记。它默认为true 但在以后的版本中将默认为false。
  • 从引文函数中删除了一些未使用的参数
  • 已清理单元测试
  • 修正了引文中的收集日期问题

[1.4]

  • 重构和重新格式化PEP8

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