dcd文件中的水分子时间序列数据

Question

我试图制作一个包含dcd文件中水分子时间序列数据的文件。是否可以使用任何MDAnalysis模块或函数生成此数据？或者是否有任何python脚本生成此文件

我需要通过使用DCD文件作为输入来生成包含两列的文件（一列带有水分子的z坐标，第二列带有相应的时间步长）

Answer 1

你可以通过多种方式得到（z，t）时间序列，但我在这里展示的是最基本的一种。我假设除了DCD轨迹文件之外，您还有一个PSF拓扑文件（但实际上，任何拓扑和轨迹文件格式都可以在MDAnalysis中使用）。我还假设水的氧原子被命名为“OW”

我实际上不清楚您希望“z，t”数据结构是什么样子。如果你有N个水分子，那么每个时间步都有N个z坐标，所以我不知道这作为“两列”有什么意义，假设你希望每一行都是不同的时间步。相反，我将使用以下数据结构：最终输出将是一个具有形状(T, N+1)的数组，其中T是轨迹中的时间步数N是水域数。数组的每一行包含[t, z1, z2, ..., zN]，即水i的时间和z坐标

import numpy as np
import MDAnalysis as mda

u = mda.Universe(PSF, DCD)
water_oxygens = u.select_atoms("name OW")

# pre-allocate the array for the data
data = np.zeros((u.trajectory.n_frames, water_oxygens.n_atoms + 1))

for i, ts in enumerate(u.trajectory):
   data[i, 0] = ts.time                          # store current time
   data[i, 1:] = water_oxygens.positions[:, 2]   # extract all z-coordinates

# now data contains your timeseries and you can work with it
# (or export it using np.savetxt()

有关MDAnalysis的介绍，请参见User Guide，它还有一个quickstart guide，用于解释选择和轨迹迭代

如需更多问题，请在MDAnalysis Google group上提问，通常在那里您会得到最快的答案