如何在WSI幻灯片的特定放大倍数下创建特定大小的面片?我试图从WSI幻灯片(Available Here)以特定的放大率创建面片。我正在Python中使用OpenSlide。我可以使用以下代码将所需的放大率转换为特定级别的幻灯片: mag = 20 #r ...2024-04-28 已阅读: n次
基于二进制分类设置像素维度值的Numpy图像数组我正在做一个CNN的项目,使用脑部核磁共振数据。图像标签位于形状(20636, 240, 240, 3)的大numpy数组中。第三维将像素值保存为基于肿瘤组织标准的二进制数据,其中它可以是: ...2024-04-28 已阅读: n次
使用条件索引的子集Numpy数组结构化numpy数组有一个名为“tumorType”的列 我想根据一些值将这个数组子集并复制到一个新数组中 肿瘤型 new_array_B=masterArray[(masterArray['ttyp ...2024-04-28 已阅读: n次
如何找出特征对logistic回归模型的重要性?我有一个二元预测模型训练的逻辑回归算法。我想知道哪些特征(预测器)对决定积极类还是消极类更重要。我知道有coef_参数来自scikit learn包,但我不知道它是否足够重要。另一件事是如何根据负类和 ...2024-04-28 已阅读: n次
使用配对或非配对ttest确定温度均值差异是否具有统计学意义?我正在分析夏威夷6月和12月的气温是否存在显著差异。我首先确定了数据集中所有可用年份的所有站点6月份的平均温度。我对十二月的气温也做了同样的测试。现在我得到了2010-2017年间6月和12月的平均温 ...2024-04-28 已阅读: n次
逻辑回归中已超过最大迭代次数我正在运行数据文件load_breast_cancer()来分类肿瘤。 运行statsmodels检查每个变量的p值后,出现错误: Warning: Maximum number of iterati ...2024-04-28 已阅读: n次
无法使用转换图像scipy.ndimage.interpolation.插值.仿射变换我有一个图像,我想翻译。我尝试使用scipy的仿射变换函数。当我尝试使用这个函数时,我得到一个错误,说“仿射矩阵有错误的行数”。我试过用谷歌搜索,但一直没找到好机会。任何调试帮助都会非常有用。在 ...2024-04-28 已阅读: n次
如何用开放式简历在脑瘤上画矩形?{1美元^ 我想在我的脑肿瘤图像数据集上画一个绿色的矩形或边框来突出显示图像中的肿瘤。最短的方法是什么?我不想分割肿瘤。在 我尝试过openev绘制矩形函数,但它不起作用。我还发现了活动轮廓和Cann ...2024-04-28 已阅读: n次
使用深度CNN和完全连接的分类器转换分割掩码numpy阵列进行图像分割我根据Pereira等人关于医学图像分割的一篇论文建立了一个模型,他们使用卷积网络将数据输入到一个完全连接的分类器中。 我想把肿瘤和正常组织分开 我目前有一个numpy数组,其中包含预分割图像[0]= ...2024-04-28 已阅读: n次
基于Python-OpenCV的图像分割目标位置检测我需要在左边找到肿瘤的位置。在 {1}$ 我尝试使用轮廓和精明的边缘检测来检测侧面,但似乎不起作用 # Find Canny edges edged = cv2.Canny(img, 30, 20 ...2024-04-28 已阅读: n次
如何应对变量图像大小的图像分类?我正在研究脑肿瘤的分类。这个数据集由来自不同角度的大脑图像组成,带有肿瘤位置的边界和遮罩。我裁剪了包含肿瘤的矩形,因为图像的其他部分是不相关的,并且由于拍摄图像的角度不同而有所不同。现在我留下了一系列 ...2024-04-28 已阅读: n次
ngCGH 概述 下一代肿瘤/正常对测序提供了一个很好的机会来检测肿瘤相对于正常样本的大规模拷贝数变化。实际上,这一概念似乎甚至延伸到对肿瘤和正常人的外显子捕获序列。这个库由一个单独的脚本ngcgh组成,该脚本 ...2024-04-28 已阅读: n次
cancerscope范围的癌症镜 scope是一种利用表达进行癌源预测的方法,用于预测rna序列样本的肿瘤类型(或匹配正常值)。 scope的python软件包cancerscope允许用户通过带有匹配 ...2024-04-28 已阅读: n次
mtbconvertermtbconverter==br/>|语言图像::https://img.shields.io/github/languages/top/qbicsoftware/qbic.mtbconverter. ...2024-04-28 已阅读: n次
njsdNJSD njsd是一个python包,用于使用熵概念计算用基因表达谱实例化的两个生物网络之间的距离。它被设计用来从大量rna测序数据中测量肿瘤内异质性。基于肿瘤状态的ith(tith)转录体通过同时 ...2024-04-28 已阅读: n次
topiar从(1)体细胞中预测突变来源的肿瘤t细胞表位 变异(2)肿瘤rna表达数据,和(3)患者hla类型。 示例 ./topiary \ --vcf somatic.vcf \ --mhc-pre ...2024-04-28 已阅读: n次
qtim_tools 医学影像分析图书馆,重点放在核磁共振成像、机器学习和神经影像学上。由马丁诺斯中心的量化肿瘤成像实验室(哈佛-麻省理工学院健康、科学和技术项目/按摩综合医院)创建 此 ...2024-04-28 已阅读: n次
mixpopid混合细胞群识别软件包 包含用于确定存在的方法的包 对给定药物有不同反应的亚群 对细胞总数进行药物筛选。数据集应该 在不同药物浓度下测定细胞存活率 n个时间点和包含r个重复。然后包可以估计 亚群数量、混 ...2024-04-28 已阅读: n次
oncodriveclustOnCodriveClust是一种旨在识别突变倾向于大空间聚类的基因的方法。这种方法的目的是利用癌症基因,特别是癌基因的突变,常常聚集在蛋白质的特定位置的特点。我们认为这是一个信号,表明这些区域的突变 ...2024-04-28 已阅读: n次
dwilibnew:切换到python版本3,它现在是必需的,并且在任何地方都是假定的! 支持扩散加权成像(dwi)分析的工具正在开发中 数据,重点是前列腺癌。 该软件是芬兰图尔库Magnetic Resonan ...2024-04-28 已阅读: n次