如何在WSI幻灯片的特定放大倍数下创建特定大小的面片？

Question

我试图从WSI幻灯片（Available Here）以特定的放大率创建面片。我正在Python中使用OpenSlide。我可以使用以下代码将所需的放大率转换为特定级别的幻灯片：

mag = 20 #required magnification
slide = openslide.open_slide(slide_path)
base_mag = 10.0 / float(slide.properties['openslide.mpp-x'])
level = slide.get_best_level_for_downsample(base_mag / mag)

因此，问题归结为仅仅在特定的幻灯片级别上寻找补丁

首先，我使用Otsu进行组织分割，代码如下：

slide = openslide.open_slide(slide_path)
thumbnail = slide.get_thumbnail((slide.dimensions[0] / 256, slide.dimensions[1] / 256))

thumbnail_grey = np.array(thumbnail.convert('L')) # convert to grayscale
thresh = threshold_otsu(thumbnail_grey)
binary = thumbnail_grey > thresh

二进制是np.array，0:组织，1:非组织

此外，我还有一张掩模图像（WSI幻灯片），它告诉我肿瘤的部位

为了生成补丁，我在Python中遇到了对带有OpenSlide的DeepZoom的支持。根据OpenSlide文档（Available Here），我可以使用DeepZoom生成如下瓷砖：

tiles = DeepZoomGenerator(slide, tile_size=256, overlap=0, limit_bounds=False)

我意识到两件事：-

• slide.level_count在幻灯片中打印10个级别，即0-9个级别，其中0是最高分辨率
• tiles.level_count在瓷砖中打印19个，即0-18级，其中18是最高分辨率

为了获得特定级别的磁贴，我可以使用get_tile(level, address)，它返回一个RGB图像，并将深度缩放级别和该级别内磁贴的地址（列、行）作为（列、行）元组

现在我对一些事情感到困惑：

1. 如何将幻灯片级别转换为深度缩放级别
2. 如何在这个特定的深度缩放级别上获取不同磁贴的地址？我尝试使用随机地址，但它给出的异常为“无效地址”
3. 如何将这两种东西结合在一起，这样我就只能从我的组织区域生成瓷砖，然后将这些瓷砖分割成肿瘤和非肿瘤