基于mri的肿瘤cad研究工具
dwilib的Python项目详细描述
new:切换到python版本3,它现在是必需的,并且在任何地方都是假定的!
支持扩散加权成像(dwi)分析的工具正在开发中 数据,重点是前列腺癌。
该软件是芬兰图尔库Magnetic Resonance Imaging Research Center研究项目的一部分。
注:这是非常建设中。正在编写程序代码 需求基础,用于内部项目的定制需求。它在 同时,程序员也一直在研究这个主题并学习 工具。所以很多地方的代码都很混乱。
功能
- 以DICOM或自定义ASCII或Matlab格式读取输入数据
- 进行模型拟合(单指数ADC,峰度,拉伸指数, 双指数)
- 计算与格里森得分的相关性
- 计算并比较诊断roc aucs
- 计算再现性测量值
- 绘图方案
- 多切片、多b值dwi dicom文件查看器(使用matplotlib gui 小部件)
- 用于数据处理任务自动流水线的生成工具
待办事项或正在进行中
- 改进的文档
- 改进的构建工具
- 自主肿瘤描绘/ROI放置
- 回归分类
要求
- Python3.4
- pathlib2(或更新的python)
- 努比
- scipy
- Scikit-Learn
可选要求
- leastsqbound-scipy(配件)
- Matplotlib(绘图)
- Pydicom(读取dicom文件)
- h5py(处理hdf5文件)
- scikit-image(纹理分析)
- Mahotas(纹理分析)
- PyDoIt(任务管理)