如何计算OpenMM中单个原子之间的力我是OpenMM新手,希望能就以下事项提供一些指导: 目前我对运行分子动力学模拟不感兴趣,首先我想用OpenMMs琥珀色力场计算单个原子对之间的力或自由能。基本上,我想以一个热图结束,它表示原子对之间 ...2024-05-15 已阅读: n次
我需要找到一个由smiles字符串(或.xyz文件)列出的分子中所有可能键合和原子之间的角度列表。我试图发展力场,为了做到这一点,我需要一个列表,所有可能的键,角度和二面体在一个分子从微笑字符串oe.xyz文件。你知道吗 有没有可能用RDkit来做呢?如果是,怎么做?你知道吗 ...2024-05-15 已阅读: n次
在scipy weave中,用什么代替全局变量?我在模拟力场中某个粒子的动力学,这个力场由很多参数描述。你知道吗 如果我用C或Fortran这样做,我会将这些参数定义为全局变量(这是最方便的)。在这里,当我使用scipy-weave时,我必须将它们 ...2024-05-15 已阅读: n次
pygam中的If语句我在写一个游戏,你基本上要躲避星星。它有一个存储区,你可以买一个力场,但是我只想让力场工作3次,然后当你买力场force_field = True时就消失了,但是我对碰撞部分有一个问题,当它们碰撞时s ...2024-05-15 已阅读: n次
python中的4d插值所以我有一个4d力场,如xy和{},每个点上都有一个Force。在 我有点不知道如何插值,但我遇到了这个。在 http://docs.scipy.org/doc/scipy-dev/reference ...2024-05-15 已阅读: n次
如何在LAMMPS中集成自定义力场模型?最近,许多论文提出了用于分子动力学的神经网络势。如果我训练一个输入为前一帧坐标的神经网络,如何将LAMMPS中的模型与python集成?我想知道当LAMMPS在命令下运行时,关于力场,LAMMPS中力 ...2024-05-15 已阅读: n次
forcebalance ForceBalance (https://simtk.org/home/forcebalance) is a library that provides tools for automated o ...2024-05-15 已阅读: n次
sgdml对称梯度域机器学习(sgdml) 有关详细信息,请访问:http://sgdml.org/ 文档可以在这里找到:http://sgdml.org/doc/ 要求: Python2.7/3.7 纽比( ...2024-05-15 已阅读: n次
forcefield-step 力场步骤 在Seamm流程图中设置ForceField的步骤 免费软件:BSD许可证 文档:https://forcefield-step.readthedocs.io。 功能 待 ...2024-05-15 已阅读: n次
BUDEFF布里斯托尔大学对接发动机力场(budeff) Budeff是 BUDE(布里斯托尔大学 对接引擎)全原子力场1,2。力场由Sessions group展开。 安装 您可以从pip安装budeff ...2024-05-15 已阅读: n次
qubekitQubekit-quAntum Mechanicalbe辐条力场工具工具包 英国纽卡斯尔大学-科尔集团 <表> <广告> 状态 >>>><> < /广告> <正文> 强>基础<强> 安装 ...2024-05-15 已阅读: n次
raaSAFT raasaft(发音为“raw-saft”)是一个python框架,可以轻松地建立粗粒度分子动力学模拟。 raasaft以hoomd blue作为后端运行,因此您可以使用gpu电源。已添加对使用gr ...2024-05-15 已阅读: n次