saft-gamma-mie力场粗粒度模拟
raaSAFT的Python项目详细描述
- raasaft（发音为“raw-saft”）是一个python框架，可以轻松地建立粗粒度分子动力学模拟。
- raasaft以hoomd blue作为后端运行，因此您可以使用gpu电源。已添加对使用gromacs的初始支持。
- raasaft使用saft-gamma-mie力场，一种强大的粗粒化方法 它提供了与原子模型相当的精度，运行时是 数量级更短
- Raasaft是一个挪威词，意思是“纯水果糖浆”除了明显的saft<；->；saft双关语外，“raa”的意思是粗/生/粗，因此是punny的两倍
安装
依赖项：
- raaSAFT使用HOOMD blue，参见HOOMD-blue install guide
- 现在这是一个依赖关系，即使你想运行与格罗马克非gpu版本的hoomd blue就足够了。
- 注意，hoomd blue在linux或mac osx上运行。不支持Windows
简单安装：
pip install raasaft # or to upgrade pip install --upgrade raasaft # To start using raaSAFT: mkdir raasaft &&cd raasaft raasaft_init # You now have the helpful directories tutorials/ replication/ and mysaft/ ls # Read the "Running simulations" section below.
高级用户/贡献者安装：
- 安装依赖项。这包括hoomd blue和python包future和requests。
- 在http://bitbucket.org/asmunder/raasaft克隆回购协议
- maint分支应该与pypi上的版本一样稳定
- master分支经常变化，可能并不总是稳定的
- 您可能想将repo目录添加到PYTHONPATH中
使用raasaft运行模拟
- 查看raasaft/tutorials/中的readme.txt文件，了解如何使用raasaft。
- 在raasaft/replication/中，我们包含了可以用来复制各种论文的结果的设置。
- 在raasaft/mysaft/中，您可以找到一个如何为新分子添加自己模型的示例。
- 您可以使用这些用户定义的模型，例如
frommysaft.exampleimportExampleex=Example(count=1e3)
- 如果要在不同目录的jobscripts中使用这些模型，请将raasaft文件夹的完整路径添加到pythonpathshell变量（将其放入.bashrc文件中以使其永久），例如：
- 导出pythonpath=$pythonpath:“/path/to/raasaft”
- 假设raasaft的模型至少经过了某种程度的验证，那么对raasaft新模型的贡献总是受欢迎的。
瓶装安全
您可以从我们名为“瓶装安全”的数据库中获得6000多个分子的模型（力场参数）：
这个web应用程序提供了脚本来实现raasaft中的搜索结果！
许可证
该代码是麻省理工学院许可下的免费开源软件。
贡献
欢迎所有的贡献！
联系人
发送电子邮件至aaervik@gmail.com
欢迎加入QQ群-->： 979659372
