一个蟒蛇实现了巴德力场。
BUDEFF的Python项目详细描述
布里斯托尔大学对接发动机力场（budeff）
Budeff是 BUDE（布里斯托尔大学 对接引擎）全原子力场1,2。力场由Sessions group展开。
安装
您可以从pip安装budeff:
pip install budeff
或从源代码下载/克隆此存储库，导航到该文件夹 然后输入：
pip install .
Budeff使用cython，所以如果您是从源代码安装的，请确保您拥有它 安装。
用法
bude力场可以用来计算任何蛋白质结构的能量。 已经加载到AMPAL，a 表示生物分子结构的简单框架。你可以加载 像这样构造成安培：
importampalstructure=ampal.load_pdb('3qy1.pdb')
一旦结构被加载，你现在可以对结构运行buff。buff有 两种模式：
- 内能-在这种模式下，提供一个单一的安培对象，并且 计算每对原子之间的能量，只要原子参数化为 那张force field。
- 交互能量-在此模式下，提供一个振幅对象列表，并且 形成这些物体之间相互作用的原子对的能量是 仔细斟酌的。例如，如果对象A和对象之间的交互能量 那么所有的原子对将包含一个来自A的原子和一个来自B的原子。
importbudeffinternal_energy=budeff.get_internal_energy(structure)# OUT: NotParameterisedWarning: O (HOH) atom is not parameterised in the selected residue force field.# OUT: warnings.warn(w_str, NotParameterisedWarning)
在计算分数时，aNotParameterisedWarning升高。
这告诉我们水（HOH）不是在力场中参数化的，并且
所以会被忽略。布德力场是为表演而开发的
蛋白质对接，所以只有蛋白质和一些常见的离子被参数化。
get_internal_energy返回一个BuffScore对象：
print(internal_energy)# OUT: <BUFF Score -7108.00: 214.37 St | -4343.46 De | -2978.91 Ch>
BuffScore包含有关系统总能量的信息（-7108.00
在本例中）以及该分数的不同组成部分，它们是
空间（214.37 St）、去溶剂化能（-4343.46 De）和电荷
相互作用（-2978.91 Ch）。每个组件都可以访问
个别：
print(internal_energy.total_energy,internal_energy.steric,internal_energy.desolvation,internal_energy.charge)# OUT: -7108.000086377617 214.36602045772776 -4343.460484501997 -2978.905622333365
可以检查单个成对的交互。inter_scores属性
是所有使用非零分数的成对交互的列表，用于
创建分数：
print(internal_energy.inter_scores[0])# OUT: ((<Carbon Atom (CA). Coordinates: (15.518, -30.153, -25.207)>,# OUT: <Carbon Atom (CB). Coordinates: (17.842, -27.509, -21.862)>),# OUT: [0.0, -0.10352520993045879, 0.0])
inter_scores中的每个元素都包含一对原子，它们构成
中具有不同评分函数元素的交互和列表
空间位阻、去溶剂化和电荷顺序。
要计算相互作用能，使用get_interaction_energy函数。
这将获取一个ampal对象列表并计算
这些对象：
interaction_energy=budeff.get_interaction_energy([structure[0],structure[1]])print(interaction_energy)# OUT: NotParameterisedWarning: O (HOH) atom is not parameterised in the selected residue force field.# OUT: warnings.warn(w_str, NotParameterisedWarning)# OUT: <BUFF Score -479.44: 26.19 St | -416.31 De | -89.32 Ch>
在这种情况下，得分更低，因为只有链A中原子之间的能量 考虑了链b中的一个原子。
buff模块还有很多功能，所以请仔细研究一下。
参考文献
- Mcintosh Smith S.等人（2012）能源效率、电力成本基准
以及异构系统的碳排放。计算机。J.
，55，192–205页。 - Mcintosh Smith S.等人（2014）高性能硅虚拟药物 在许多核心处理器上进行筛选。int.j.高性能。计算。申请。，29岁， 119到134。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
