Python 荧光_专题 - Python中文网

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关于荧光相关联的Python项目和问题：

Python中的细胞分割与荧光计数

我如何从显微镜上拍摄的图像中，沿着在Matlab中所做的行来分割细胞？ http://blogs.mathworks.com/steve/2006/06/02/cell-segmentation/ ...

2024-04-26 已阅读: n次

如何为多帧TIFF文件定义3D numpy阵列中的采样率？

我有一个多帧TIF文件，它记录了神经元荧光强度随时间的变化。 TIF文件有80 x 60像素和2000帧。你知道吗我想分析每个像素荧光强度变化的频率，为此我需要定义帧的采样率。现在我有一个三维数组 ...

2024-04-26 已阅读: n次

Python：skimage.transform.hough_circle_peaks（）min_xdistance和min_ydistance错误

我想用撇油.transform图像模块，用于查找和评估载玻片上圆圈的荧光。到目前为止，这些模块运行得非常好。不过，我有一个小问题我似乎无法解决。在使用时撇渣.变换.霍夫圈.峰（）我发现同一个罐子被多 ...

2024-04-26 已阅读: n次

在C++或Python中从多个输入文件创建矩阵

我们有一个荧光光谱仪，它以一种不舒服/愚蠢的方式输出其荧光数据，以便进一步处理。也就是说，在实际数据开始之前有55行注释和信息。第55行从第1列中的发射波长和第2列中的荧光值开始，用标签限制器将其分开 ...

2024-04-26 已阅读: n次

如何将图像的matplotlib.pyplot颜色映射表示转换为RGB图像

我有一张显微镜图像，它描述了作为灰度对象存储的样本的特定属性（即荧光寿命）我还有一个与描述样本另一特性（即荧光强度）完全相同的区域的第二个显微镜图像，该第二个图像也存储为灰度对象我想将两个图像 ...

2024-04-26 已阅读: n次

纳米图像配准算法

我正在做全场光学相干层析成像（FFOCT），在我的装置上增加了一个荧光测量。我有两个摄像头，一个记录荧光信号，另一个记录荧光信号。我试图调整我的光学设置，但它是不可能实现完美的像素对齐（分辨率是300 ...

2024-04-26 已阅读: n次

用Python中的OpenCV轮廓分析荧光细胞图像

我正在尝试使用OpenCV中的轮廓来计算荧光细胞和总荧光面积。在探索了Scikit图像中的选项并尝试了斑点检测之后，这似乎是适合我的图像类型的最简单方法。不幸的是，我似乎无法得到细胞周围的轮廓。知道我 ...

2024-04-26 已阅读: n次

按固定间隔循环列和平均元素

我完全卡住了。在我的原始数据帧中，我有一列感兴趣的元素（荧光），我希望以固定的间隔（5）获取固定数量的元素（=3，黄色），并对它们进行平均。输出应保存到新列表中 fluorescence = df.i ...

2024-04-26 已阅读: n次

Python找到tubeshape结构，填充空洞，并生成二进制掩码用于下游图像处理

第一次张贴在这里。在我正在为一个生物工程项目进行图像处理，我正在使用Python（主要是Skimage包）对我们拍摄的图像进行批处理。每个图像中有6-8个试管，细胞在其中流动。在每个时间点，我们捕捉 ...

2024-04-26 已阅读: n次

如何在python中创建堆叠线的绘图？

我有300个细胞在200个时间步内的荧光值。我想把它们都画在同一个图形上，一个叠在另一个上面。我不想绘制堆积面积图。下面的图片是我要找的，但本质上是每个细胞的数据绘制在各自的y轴上，所有细胞都有相同的 ...

2024-04-26 已阅读: n次

使用Python、Numpy和ScikitImage/OpenCV根据流域线的长度合并图像段

我正在研究一种基于分水岭的分割算法来分割荧光图像，例如：因此，我获得了一个Numpy数组，每个片段都有标签。如果荧光图像中的相应区域之间有足够大的强度衰减，则这些区域由分水岭线分隔。对于非常大的强 ...

2024-04-26 已阅读: n次

如何创建具有任意数量通道的图像？（Python）

我正在使用Python、Anaconda发行版开发一个项目，需要创建和处理具有任意数量通道的图像。例如，RGB有三个通道 (R,G,B) 我需要有任意数量的用户定义通道，可能多达90个左右（实际上是 ...

2024-04-26 已阅读: n次

fcsfiles

fcsfiles是一个python库，用于读取carl zeiss（r）confocor（r）raw和ascii 测量数据文件。 Author:Christoph Gohlke Organi ...

2024-04-26 已阅读: n次

keres

简介 keres是一个bayes滤波器，用于淀粉样纤维生成荧光分析数据还有一个测试过滤器的套件。测试套件需要copasi simulator。主页和存储库主页：http://pypi. ...

2024-04-26 已阅读: n次

codfish

鳕鱼 == 荧光原位杂交互补寡核苷酸设计（cod-fish）是鉴定与感兴趣的参考基因组上特定位置杂交的寡核苷酸序列的管道。 cod-fish由mihaela martis（[bils]（https:/ ...

2024-04-26 已阅读: n次

pybromo

自由扩散的布朗运动与时间戳/寿命模拟共焦激发下的荧光粒子（或染料）。它可以用来用or精确模拟共焦单分子fret实验没有终身信息。 ...

2024-04-26 已阅读: n次

icsdll

icsdll是一个python/cTypes接口，用于图像相关光谱学荧光实验室开发的动态链接库（icsx64.dll） images simfcs软件全局的动力学（lfd）。 ICSX64.DLL ...

2024-04-26 已阅读: n次

zetastitcher

Zetasticher是一种用于缝合大体积图像的工具，如由光片荧光显微镜生成的图像。 ...

2024-04-26 已阅读: n次

lfdfiles

lfdfiles是一个python库和控制台脚本，用于读、写，转换和查看用于存储的许多专有文件格式实验数据和元数据。例如： simfcs vpl，vpp，jrn，bin，int，cyl ref， ...

2024-04-26 已阅读: n次

blitzcurve

时间分辨荧光各向异性测量（trams）的数据分析。 trams是最先进的技术，可用于分析蛋白质功能和相互作用。为什么要使用电车技术？测量分子旋转速度（如蛋白质大小、结构、配体结合）。通过两个荧 ...

2024-04-26 已阅读: n次

flimage

flimage是处理荧光数据的python3库。它的api与 qpimage，制作它是一种方便的相位和荧光共聚焦工具。文档文档，包括代码参考和示例，可以在 flimage.readthed ...

2024-04-26 已阅读: n次

cytoflow

欢迎使用不同类型的流式细胞术分析。看一看例如Jupyter笔记本： Basic flow cytometry analysis An small-molecule induction curve ...

2024-04-26 已阅读: n次

fluo

fluo是一套用于分析时域模式。 Author:Anna Chmielińska, <anna.chmielinska@uj.edu.pl>. 安装通过设置工具 py ...

2024-04-26 已阅读: n次

cellsino

cellsino是一个用于生成sinogram的python库（phase和（荧光）用于测试断层重建算法的细胞模型。文档文档，包括代码参考和示例，可以在 cellsino.readthedo ...

2024-04-26 已阅读: n次

fisx

主要开发网站：https://github.com/vasole/fisx 该软件库实现了在给定实验装置的情况下计算预期x射线荧光强度的公式。这个库解释了二次和三次激发，k，l和m壳层发射线和去激 ...

2024-04-26 已阅读: n次

pyfluo

Pyfluo（2015年） =========================== 本·德韦雷特 =========================== 分析ca荧光成像的python库。 ===== ...

2024-04-26 已阅读: n次

PyMca5

用于交互和/或批处理X射线荧光光谱分析的独立应用程序和Python工具。提供图形用户界面（gui）和批处理功能 ...

2024-04-26 已阅读: n次

fret-ibra

#FRET-图像背景减法比率分析（FRET-IBRA）FRET-IBRA是一个处理荧光共振能量转移（FRET）强度数据以生成比率图像以供进一步分析的工具包。该工具包包含用于背景减法（使用基于平铺dbs ...

2024-04-26 已阅读: n次

xmimsim

xmimsim xmi msim（python包）是xrf开源模拟软件xmi-msim的前端，用于在python中运行。安装 macos 在mac上，通过homebrew获取xmimsim。要安装d ...

2024-04-26 已阅读: n次

pyFRET

什么是pyFRET？ pyFRET是一个python包，用于使用共焦激光显微镜分析单分子荧光（smFRET）实验的数据。 pyfret提供以下方法：分析文件突发选择与去噪微动效率计算数据可 ...

2024-04-26 已阅读: n次

csbdeep

csbdeep–护理工具箱这是csbdeep python包，它为荧光显微镜图像的内容感知恢复（care）提供了一个工具箱，基于通过keras和tensorflow进行的深入学习。请参阅ht ...

2024-04-26 已阅读: n次

psf

psf是一个python库，用于计算荧光显微镜。这个图书馆不再积极发展。 Authors:Christoph Gohlke, Oliver Holub Organization:Labo ...

2024-04-26 已阅读: n次

Python 荧光

关于荧光 相关联的Python项目和问题：

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