pyFRET 0.1.9

什么是pyFRET？

pyFRET是一个python包，用于使用共焦激光显微镜分析单分子荧光（smFRET）实验的数据。 pyfret提供以下方法：

• 分析文件
• 突发选择与去噪
• 微动效率计算
• 数据可视化
• smfret直方图的高斯拟合

pyfret支持使用连续激励（fret）和交替激励（alex）对收集的数据进行分析。

Pyfret由Rebecca R.Murphy编写（电子邮件：rebeccaroisin@gmail.com），并获得OSI兼容BSD许可证。 有关许可证的文本，请参见license.txt。

Pyfret是如何构造的？

pyFRET是一个模块它包含两个子模块：

• 连续激励数据的pyfret
• Pyalex用于交流励磁数据

我如何使用pyfret？

pyfret位于python包索引（pypi）上。从您的终端，可以使用“pip install pyfret”安装它。 要在代码中使用库函数，可以使用“from pyfret import pyfret”和“from pyfret import pyalex”。

有关详细的安装说明，请参见联机tutorial

详细的使用说明可以在pyFRET和pyALEX引用、联机tutorial或docs文件夹中找到。

使用pyFRET完成数据分析的示例代码（包括配置文件）可以在bin文件夹中找到

具体来说，Pyfret是做什么的？

目前，对于简单的FRET数据，pyFRET支持：

• .csv和二进制（.dat）文件的文件分析
• 将光子计数列表解析为数据对象
• 全光子突发搜索（APB）
• 双通道突发搜索（DCB）
• 和、求和或阈值
计算接近率（包括可选的伽玛因子校正）
• 构建和绘制接近比率直方图，包括导出为.CSV文件
• smFRET数据的三维绘图
• smfret数据的散点图
• 使用单个高斯峰值进行高斯拟合，包括将拟合导出为.csv文件
• 单粒子的递推分析，如Hoffmann等人所实现的。物理化学化学物理。2011年13（5）：1857-1871。

对于alex data，pyfret支持：

• .csv和二进制文件的文件分析
• 将光子计数列表解析为数据对象
• 全光子突发搜索（APB）
• 双通道突发搜索（DCB）
• 接近比和Stoichiometry的计算（包括可选的伽马因子校正）
• 使用计算的化学计量选择事件
• 构建和绘制接近比率直方图，包括导出为.CSV文件
• E、S投影散点图的构造
• 使用单个高斯峰值进行高斯拟合，包括将拟合导出为.csv文件

目前，pyfret没有实现：

• 荧光脉冲去噪的概率分布分析
• 多总体的高斯拟合
• 支持多参数荧光检测。

pyfret当前没有使用picoquant检测收集数据的解析器。

这些都是重要的特性，添加这些特性非常有用。如果您想看到这些功能的添加，请给我发电子邮件（rebeccaroisin@gmail.com），或者提供一个补丁。

我怎么联系？

pyfret托管在公共代码repository中的Bitbucket上。只是here

如果发现错误，请转到问题tracker并添加问题，包括对所发现问题的描述。

如果有要添加到pyfret库中的功能，也可以创建问题。

如果你要为代码提供修补程序或功能，请克隆存储库，创建新的本地分支并在本地进行更改运行单元测试以检查没有中断任何内容，然后返回到主分支。如果你觉得这样做没有信心，添加一个问题或电子邮件给我，我们可以一起解决它。