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Python smiles
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关于smiles 相关联的Python项目和问题：
最新问答
伙计们。我正在写一段代码，生成氨基酸序列。它有两个相同的循环-第一个循环工作正常，而另一个循环给出“ValueError:无法将字符串转换为浮点：“”。现在，我试着调试它，将所有内容都设置为字符串，但 ...
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目前，我正在开发一个基于web的系统，它将存储自然复合信息。在这个系统中，有一个功能，用户可以输入smiles代码，系统将进行相似性或子结构搜索。在
然而，这个组织提供的数据中唯一有用的属性是smil ...
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我有下面的类（为了简洁起见而缩短），它在实例化时标准化了SMILES字符串。我一直试图通过利用Python3.7.4中的多处理软件包，利用我所有的CPU进行并行处理，从而加快进程
class Stan ...
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我有一个用微笑弦表示的分子数据集。我试着用图表来表示。有办法吗？例如，假设我有一个字符串CC(C)(C)c1ccc2occ(CC(=O)Nc3ccccc3F)c2c1，有没有一种通用的方法可以把它转换 ...
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我正在从一个网页中删除数据，并对某个带有<br>标记的部分进行了这样的操作。在
<div class="scrollWrapper">
<h3>Smiles ...
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第一次使用海龟。我的任务是做一个笑脸，任何大小和任何位置。我真的不知道自己在做什么，所以我就是说不好。我读了很多书，我想做的是在正确的微笑之后，开始和（0，0），然后做一个镜像。谢谢你的帮助。
imp ...
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我试图使用Python中的rdkit包来确定任何分子中石蜡基的数量。首先，我开始确定石蜡CH3基团，我必须扩展到石蜡CH2和石蜡CH基团
在MWE中，我试图通过一个匹配的子结构来确定这一点，该子结构无 ...
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我想知道是否有可能用Python将SYBYL行表示法（SNL）转换成Smiles？你知道吗
N-甲基吡咯烷酮的示例：
SNL = 'N[1](CH2CH2CH2C@1=O)CH3'
SMI = 'CN ...
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我正在构建一个Flask webapp，它使用OpenBabel API（化学工具包）为我生成一些文件。当我调用这个特定函数时，它似乎工作正常，并在我想要的目录中生成文件。但是，一旦它返回到Flask ...
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我正在使用RDKit处理一些任务，但遇到了一些问题。
我正试图用SaltRemover()函数清理我的数据集，但是ArgumentError发生了，我无法理解它。你知道吗
使用的代码如下：
from ...
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你好，我在试着收集化学指纹
我使用的是rdkit，它为聚类提供了一种层次化的方法，问题是我知道要有13个聚类的聚类数，所以我使用scikit基于tanimoto相似度得分的kmean方法
这是我的代码 ...
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我试图在一列上迭代我的函数，但它不能正常工作。你们能告诉我在哪里需要修改代码吗？你知道吗
那是我的密码
def SmilesToFPS(smiles):
mol = Chem.MolFromS ...
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最新项目
这个python模块可以将格式良好的smiles（也就是由一个化学信息工具包编写的）转换为deepsmiles。它还进行反向转换。
使用以下命令安装最新版本：
pip install --upgrad ...
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smilez-smiles字符串的压缩==smilez主页：https://bitbucket.org/dalke/smilezsmilez是一个简单的smiles字符串压缩库。它紧密地基于短字符串的 ...
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#签名器
从微笑的分子中产生化学检测信号。
#安装
`
pip install signaturizer
`
#示例
`python
from signaturizer import Signatur ...
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一个网站，你可以在微笑上创建收藏，并在其他网站上使用它。
快速启动
从pypi安装smilepack:
pip3 install smilepack
创建管理员帐户：
smilepack cre ...
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简介
cirpy是nci/nih的cadd组为Chemical Identifier Resolver (CIR)提供的python接口。
cir是一个web服务，它将任何化学标识符解析为另 ...
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pinky-分子指纹库
pinky是从微笑字符串生成分子指纹的库。
Pinky包括一个微笑的叉子解析器和来自皱眉的mol生成器
http://frowns.sourceforge.net/最初由bri ...
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molvs是一个分子验证和标准化工具，使用RDKit chemistry framework用python编写。
由于不同的表现形式，从不同的来源建立一个化学结构的集合可能是困难的，
画习惯和 ...
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Pythorch上的fréchet chemnet距离
从原始存储库移植的Fréchet ChemNet Distance的pytorch实现。移植模型产生与原始keras实现相同的输出，可用于可重 ...
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pysmiles：轻量级的纯python smiles读写器
这是一个小项目，我开始，因为我找不到任何微笑读者或
易于安装的编写器（只读：python）。目前，作者是
非常基本，虽然它应该产生有效 ...
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从微笑步骤开始
from smiles步骤实现seamm流程图中的一个步骤，以从smiles字符串创建结构
免费软件：BSD许可证
文档：https://from-smiles-step ...
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微笑和bsmiles之间的转换
所有的化学分子都可以用微笑符号来表示。但从微笑符号来看，不能将分子直接分离成碎片。在这里，我创建了一个名为bsmiles的新符号，它更容易检查每个片段。
示例：
微笑符 ...
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pisnrs
pisnrs是一个用于潜在抑制剂和支架预测的python模块。
在rdkit，scikit learn的基础上构建的核受体
在麻省理工学院的执照下。
安装
目前，PISNRS需要以下依赖 ...
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微笑分析器
此包Python名称：coho
目前版本： coho 0.4
最后维护时间：Jan 19, 2019
摘 ...
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smiview是一个命令行文本模式工具，用于显示smiles字符串的结构。
此包Python名称：smiview
目前版本： smiview 1.2 ...
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