浅笑的读者和作家
pysmiles的Python项目详细描述
pysmiles：轻量级的纯python smiles读写器
这是一个小项目，我开始，因为我找不到任何微笑读者或 易于安装的编写器（只读：python）。目前，作者是 非常基本，虽然它应该产生有效的微笑，但它们不会 漂亮。读卡器状态较好，应该可以使用。
微笑弦假定为 Opensmiles标准版
分子
分子被描述为网络x图。原子是 图和键是边。节点可以具有以下属性：
- 元素：str。这描述了原子的元素。默认为"*" 意思是未知。
- 芳香族：布尔。原子是否是（反）芳香系统的一部分。 默认为false。
- 同位素：浮子。原子的质量。默认为未知。
- hcount:int.附着在这个原子上的隐式氢的数目。 默认为0。
- 电荷：int。这个原子的电荷。默认为0。
- 类：int。这个原子的"类"。默认为0。
边具有以下属性：
- 顺序：数字。债券订单。1.5用于芳香键。默认为1。
目前还没有指定立体化学信息的方法，而且 在阅读时被丢弃。在未来的某个地方 存储在节点的"立体声"属性中。
阅读微笑
函数read_smiles（smiles，explicit_hydrogen=false，zero_order_bonds=true，reinterpret_aromic=true）可用于分析
笑弦。它不应用于验证字符串是否有效
smiles string——这个函数很少验证你的smiles string是否具有化学意义。
被创造分子的边缘总是有一个"顺序"
属性。到目前为止，节点将具有相关属性
明确规定。元素未知的原子（*）将没有
元素属性。
显式氢决定氢原子是否应该 在创建的分子中表示为显式节点，或在 "hcount"属性。零阶键确定微笑中的零阶键（.）是否 字符串将导致生成分子的边缘。重新解释芳香 重新解释，并根据构建的分子确定，或者 smiles string（小写）的芳香性规范 元素）应被视为主导。如果为真，则还将设置债券订单 对于不属于芳香环且具有键序的键，为1 1.5。如果错误，将仅使用中的信息创建分子 微笑的弦。
写微笑
函数可以是 用来写分子的微笑字符串。函数不检查 你的分子是否有化学意义。相反，它写着微笑 你提供的分子的表示，而不是其他的。
-
＜Li>
start是深度优先遍历的节点的键 起动。如果没有特别说明，就做些聪明的事。
default_element是用于没有
"元素"属性。附加功能
除了这两个核心功能外，还公开了另外四个功能 可以用最少的工作帮助生成与化学相关的分子。
填充价（mol，尊重数=真，尊重键序=真，最大键序=3）这个函数将通过 递增'hcount'和债券订单（如果指定）。注意，它确实 不使用"charge"属性来查找正确的价。重复计数：bool。是否可以覆盖现有的hcount。尊重债券订单：bool。是否可以更改债券订单最大绑定顺序：int.将设置的最大绑定顺序。
添加显式氢（摩尔）此函数转换隐式氢，由"hcount"指定 属性，到显式节点。除去显式氢（摩尔）此函数与add_explicit_hydrogens相反：它将删除 显式氢节点并将其添加到相关的"hcount"属性中。正确的芳香环（摩尔）这个函数标记分子中所有（反）芳香原子，并设置 （反）芳香原子之间的所有键的阶数为1.5。 它在尝试之前填充所有原子的价（另请参见填充价 找出哪些原子是芳香的。它的工作原理是首先找到所有 环中的原子。下一步，对每个环中的每个原子进行检查 原子是否是sp2杂化的（注意这是一个模糊的术语。 严格地说，我们检查它们的元素是否是可以 芳香，无论它们有2或3个键）。最后是 计算每个环的电子数，如果这是均匀的，环中的原子数 据说是芳香的。 这个函数是整个库中最脆弱的，我希望它 在某些情况下产生错误的答案。尤其是用于熔融（芳香族） 环系统（如吲哚）和带外环杂原子的环 （O=C1C=CC=C1）。买家当心。
示例
读数
frompysmilesimportread_smilessmiles='C1CC[13CH2]CC1C1CCCCC1'mol=read_smiles(smiles)print(mol.nodes(data='element'))# [(0, 'C'),# (1, 'C'),# (2, 'C'),# (3, 'C'),# (4, 'C'),# (5, 'C'),# (6, 'C'),# (7, 'C'),# (8, 'C'),# (9, 'C'),# (10, 'C'),# (11, 'C')]print(mol.nodes(data='hcount'))# [(0, 2),# (1, 2),# (2, 2),# (3, 2),# (4, 2),# (5, 1),# (6, 1),# (7, 2),# (8, 2),# (9, 2),# (10, 2),# (11, 2)]mol_with_H=read_smiles(smiles,explicit_hydrogen=True)print(mol_with_H.nodes(data='element'))# [(0, 'C'),# (1, 'C'),# (2, 'C'),# (3, 'C'),# (4, 'C'),# (5, 'C'),# (6, 'C'),# (7, 'C'),# (8, 'C'),# (9, 'C'),# (10, 'C'),# (11, 'C'),# (12, 'H'),# (13, 'H'),# (14, 'H'),# (15, 'H'),# (16, 'H'),# (17, 'H'),# (18, 'H'),# (19, 'H'),# (20, 'H'),# (21, 'H'),# (22, 'H'),# (23, 'H'),# (24, 'H'),# (25, 'H'),# (26, 'H'),# (27, 'H'),# (28, 'H'),# (29, 'H'),# (30, 'H'),# (31, 'H'),# (32, 'H'),# (33, 'H')]
写作
importnetworkxasnxfrompysmilesimportwrite_smiles,fill_valencemol=nx.Graph()mol.add_edges_from([(0,1),(1,2),(1,3),(3,4),(1,5),(3,6)])foridx,eleinenumerate('CCCCOCO'):mol.nodes[idx]['element']=elemol.nodes[4]['charge']=-1mol.nodes[4]['hcount']=0mol.edges[3,6]['order']=2print(write_smiles(mol))# [O-]C(=O)C([C])([C])[C]fill_valence(mol,respect_hcount=True)print(write_smiles(mol))# [O-]C(=O)C(C)(C)C
限制
- 编写器生成不推荐的smiles字符串（根据opensmiles）。
填充价不使用"电荷"来查找正确的价。正确的芳香环是易碎的。- 目前还没有办法指定立体化学信息。这个 解析器可以处理它，但它将被丢弃。
- 它不在pypi上
- 它只处理微笑。以后可能会扩展到Inchi，SLN， 智能等
要求
类似项目
有更多的python项目处理smiles，我试着列出 这里至少有一些。如果您的手机不见了，请随时打开PR。
- pysmile：一个类似的命名项目， 能够编码/解码微笑格式的对象。不处理 微笑。
- rdkit：化学信息和 机器学习软件，能读写微笑，仁智， 以及其他。
- OpenEye化学工具包：OpenEye 化学工具包是化学和 化学信息学。它能处理（典型的）微笑和 英奇.
许可证
pysmiles是在apache 2.0许可下发布的。 版权所有2018 Peter C Kroon
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