微笑和bsmiles之间的转换
BSMILES的Python项目详细描述
微笑和bsmiles之间的转换
所有的化学分子都可以用微笑符号来表示。但从微笑符号来看，不能将分子直接分离成碎片。在这里，我创建了一个名为bsmiles的新符号，它更容易检查每个片段。
示例：
微笑符号：O（=C1CSC（C4CCCCN4）N（C2CCC3C（CCCC3）C2）1）
b英里表示法：o{0=c！CSCN！{4c%ccc！C（中交）C%}{3C！ccccn！}}
如何将微笑转换为bsmiles
from BSMILES.BSMILES import encode
bsmiles = encode(smiles)
如何将bsmiles转换回smiles
from BSMILES.B_to_smiles import convertB
smiles = convertB(bsmiles)
如何从bsmiles符号中获取片段
- 输入一个文件，然后得到一个输出文件 从b smiles.b_到_smiles导入bsmiles_到_frag
inputfile_name ="bsmiles"
outputfile_name="fragment"
bsmiles_to_frag(inputfile_name,outputfile_name)
- 输入一个bsmiles字符串返回两个向量，第二个包含片段。 从b smiles.b_到微笑导入getfragments
bsmiles = "any_kind_of_bsmiles"
visited = []#contain all unique fragments from bsmiles
fragments = []#contain all fragments
visited,bsmiles = getFragments(visited,bsmiles)
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