来自微笑的图表

Question

我有一个用微笑弦表示的分子数据集。我试着用图表来表示。有办法吗？例如，假设我有一个字符串CC(C)(C)c1ccc2occ(CC(=O)Nc3ccccc3F)c2c1，有没有一种通用的方法可以把它转换成一个图表示，意思是邻接矩阵和原子向量？我看到了问题，地址是SMILES from graphs，我知道rdkit有{}，但我找不到从SMILES字符串中获取图形的东西。在

Answer 1

要完成Davide的回答，您可以使用以下方法将键序包含到邻接矩阵中：

nx.to_numpy_matrix(mol, weight='order')

或根据networkx documentation使用

^{pr2}$

Answer 2

你可以试试pysmiles。 从SMILES描述开始，您应该能够创建一个NetworkX图形，并生成所需的对象，代码如下

from pysmiles import read_smiles
import networkx as nx

smiles = 'C1CC[13CH2]CC1C1CCCCC1'
mol = read_smiles(smiles)

# atom vector (C only)
print(mol.nodes(data='element'))
# adjacency matrix
print(nx.to_numpy_matrix(mol))