咀嚼基因组学数据的工具
genemunge的Python项目详细描述
用于咀嚼基因组数据的工具,例如:-在不同的 基因标识符的类型.在基因本体中搜索术语 (go)与关键字相关-查找家务基因和 转录因子-获取与 给定基因-查看基因在组织中的表达方式- 通过转换为tpm规范化基因表达数据矩阵
取消学习.ai
当我们没有开发像 genemunge,我们帮助生物制药合作伙伴使用无监督的深度学习 从他们的经济学数据中提取见解。了解更多 unlearn.health。
安装
此库附带以下数据源:Gene Ontology。这里使用的当前版本是 2018-03-27发布。- recount2的数据 GTEX公司。-HGNC基因符号。-一份清单 transcription factors。-一份清单 housekeeping genes。
通过来自pypi的pip(pip install genemunge)安装此包, pip install .来自github)将使用此存储库附带的静态数据。
如果您希望使用上述来源的最新数据,您可以 使用pip -e install .从github以“开发”模式安装。值得注意的是,这将 下载并处理recont2gtex数据,需要R和 recount包来自bioconductor:
source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("recount")
引文
如果你利用家谱来研究 出版。
这个包裹:
基因本体论:Ashburner等人基因本体论:统一的工具 生物学(2000)NAT Genet 25(1):25-9 GO联盟,核酸 2017年决议
叙述2:Collado Torres L、Nellore A、Kammers K、Ellis SE、Taub Ma, 汉森KD,雅菲Ae,兰格米德B,韭菜JT。可重复的rna序列分析 使用资源2。自然生物技术,2017年。
HGNC:格雷卡,耶茨B,海豹RL,莱特MW,布鲁福德EA。genenames.org网站: 2015年HGNC资源。《核酸研究》,2015年1月;43日(数据库 问题:D1079-85。
转录因子:tfcheckpoint:一个特定的 DNA结合RNA聚合酶II转录因子; 寿司;丽芙·汤姆森;阿斯特里德·拉格瑞德;马丁·柯伊伯 生物信息学2013。
家政基因:E.Eisenberg和E.Y.Levanon,遗传学趋势 29,(2013年)
转到证据代码
Experiment: - Inferred from Experiment (EXP) - Inferred from Direct Assay (IDA) - Inferred from Physical Interaction (IPI) - Inferred from Mutant Phenotype (IMP) - Inferred from Genetic Interaction (IGI) - Inferred from Expression Pattern (IEP) Computational: - Inferred from Sequence or structural Similarity (ISS) - Inferred from Sequence Orthology (ISO) - Inferred from Sequence Alignment (ISA) - Inferred from Sequence Model (ISM) - Inferred from Genomic Context (IGC) - Inferred from Biological aspect of Ancestor (IBA) - Inferred from Biological aspect of Descendant (IBD) - Inferred from Key Residues (IKR) - Inferred from Rapid Divergence(IRD) - Inferred from Reviewed Computational Analysis (RCA) Literature: - Traceable Author Statement (TAS) - Non-traceable Author Statement (NAS) Other: - Inferred by Curator (IC) - No biological Data available (ND) evidence code - Inferred from Electronic Annotation (IEA)
常见基因ID类型
['symbol','name','entrez_id','ensembl_gene_id','refseq_accession','uniprot_ids']