genemunge 0.0

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安装

此库附带以下数据源：Gene Ontology。这里使用的当前版本是 2018-03-27发布。- recount2的数据 GTEX公司。-HGNC基因符号。-一份清单 transcription factors。-一份清单 housekeeping genes。

通过来自pypi的pip（pip install genemunge）安装此包， pip install .来自github）将使用此存储库附带的静态数据。

如果您希望使用上述来源的最新数据，您可以 使用pip -e install .从github以“开发”模式安装。值得注意的是，这将 下载并处理recont2gtex数据，需要R和 recount包来自bioconductor：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("recount")

引文

如果你利用家谱来研究 出版。

这个包裹：

基因本体论：Ashburner等人基因本体论：统一的工具 生物学（2000）NAT Genet 25（1）：25-9 GO联盟，核酸 2017年决议

叙述2：Collado Torres L、Nellore A、Kammers K、Ellis SE、Taub Ma， 汉森KD，雅菲Ae，兰格米德B，韭菜JT。可重复的rna序列分析 使用资源2。自然生物技术，2017年。

HGNC:格雷卡，耶茨B，海豹RL，莱特MW，布鲁福德EA。genenames.org网站： 2015年HGNC资源。《核酸研究》，2015年1月；43日（数据库 问题：D1079-85。

转录因子：tfcheckpoint：一个特定的 DNA结合RNA聚合酶II转录因子； 寿司；丽芙·汤姆森；阿斯特里德·拉格瑞德；马丁·柯伊伯 生物信息学2013。

家政基因：E.Eisenberg和E.Y.Levanon，遗传学趋势 29，（2013年）

类似工具

如果你知道类似的工具对用户有帮助的话， 请在这里给他们一个归属。

1. goatools
2. goenrich

转到证据代码

Experiment:
 - Inferred from Experiment (EXP)
 - Inferred from Direct Assay (IDA)
 - Inferred from Physical Interaction (IPI)
 - Inferred from Mutant Phenotype (IMP)
 - Inferred from Genetic Interaction (IGI)
 - Inferred from Expression Pattern (IEP)

Computational:
 - Inferred from Sequence or structural Similarity (ISS)
 - Inferred from Sequence Orthology (ISO)
 - Inferred from Sequence Alignment (ISA)
 - Inferred from Sequence Model (ISM)
 - Inferred from Genomic Context (IGC)
 - Inferred from Biological aspect of Ancestor (IBA)
 - Inferred from Biological aspect of Descendant (IBD)
 - Inferred from Key Residues (IKR)
 - Inferred from Rapid Divergence(IRD)
 - Inferred from Reviewed Computational Analysis (RCA)

Literature:
 - Traceable Author Statement (TAS)
 - Non-traceable Author Statement (NAS)

Other:
 - Inferred by Curator (IC)
 - No biological Data available (ND) evidence code
 - Inferred from Electronic Annotation (IEA)

常见基因ID类型

['symbol','name','entrez_id','ensembl_gene_id','refseq_accession','uniprot_ids']