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关于biopython 相关联的Python项目和问题：
最新问答
为了我的工作，我必须在生物医学研究和工业领域找到潜在的客户。
我用biopython模块编写了一些非常方便的程序，它有一个很好的界面来搜索NCBI。我还使用了“临床试验”模块来搜索clinical t ...
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![如何解决IOError:[Errno 2]没有这样的文件或目录：在Biopython中？](/media/tags/static/images/19.png)
我正在尝试使用以下代码解析Biopython中的fasta文件。如何解决此错误？
from Bio import SeqIO
handle = open("C:/Users/Desktop/kk.fa ...
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我有一个FASTA文件，其中有一组序列，格式如下：
BMRat|XM_008846946.1
ATGAAGAACATCACAGAAGCCACCACCTTCATTCTCAAGGGACTCAC ...
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在Biopython安装说明中，它说如果Biopython不工作，我应该这样做：
export PYTHONPATH=$PYTHONPATH'：/directory/where/you/put/Bio ...
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我可以用程序biopython创建一个新的conda环境：
conda create --name snowflakes biopython
如果我不想安装任何程序怎么办？看来我做不到：
» con ...
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我正在使用biopython包，我想把结果保存为tsv文件。从打印输出到tsv。
for record in SeqIO.parse("/home/fil/Desktop/420_2_03_074.f ...
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我正在尝试安装biopython，以便在Windows7计算机上与Python 3.3一起运行。
我已经下载了biopython可执行文件biopython-1.61.win32-py3.3-beta ...
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我有一个PDB文件，我需要提取它的剩余序列号（resseqs）。根据对PDB文件（粘贴在下面）前几行的手动检查，我认为resseqs应该是{}。然而，Biopython的^{}模块提出了其他建议（输出 ...
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我试图在iPython的笔记本环境中将BioPython序列传递给Ilya Stepanov's implementation of Ukkonen's suffix tree algorithm。我 ...
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我最近在我的MacOs上安装了python3。在
关于python3解释器，sys.path给我的是：
['', '/Library/Python/2.7/site-packages', '/User ...
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我试图用BioPython和PyGraphviz库中的Phylo.draw_graphviz方法创建一个系统发育树。我阅读了文档并安装了networkx、matplotlib以及{}的windows。 ...
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我有一个40万次读取的fastq文件（因此速度很重要）。序列中集成了条形码，应显示两次。给定一个条形码，我想查找条形码出现两次的序列<；=2个不匹配。因此，使用条形码“ATTCGACCGATAG ...
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最新项目
binseqs-支持bioython中的二进制序列格式
binseqs是一个python包，旨在丰富seqio
通过添加
支持一些二进制序列格式。
折旧警告
这个代码现在已经合并到Biopython中 ...
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Biopython自述文件
Biopython项目是一个由
可用于计算分子生物学的python工具。
我们以用户为中心的文档位于http://biopython.or ...
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极简生物信息学框架
对于我的大多数用例来说，biopython或scikit bio等广泛的框架完全是过度的。这些框架将所有内容都作为一个对象（例如序列）处理，这在某些情况下肯定是有帮助的，但通常将序 ...
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系统逻辑的python实现。
要求
biopython
Sequence handling
cached-property
Lazy regex evaluation
...
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snapgene reader是一个python库，用于将snapgene*.dna文件解析为dictionnaries或biopython seqrecords:
from snapgene_re ...
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Biopython中未包含或隐藏的其他实用程序和定义
此包Python名称：biopython-extensions
目前版本： biopython ...
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简介
用于转换分子序列的biopython脚本。
生物信息学被大量的文件格式所困扰。生物疗法
提供允许相互转换的类和IO函数。本模块
提供在内部使用biopython简单地转换多个
命令行上的文件。 ...
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#moderna-比较rna建模程序
版权所有2009 Magdalena Rother、Kristian Rother、Tomasz Puton和Janusz M.Bujnicki
1.7.1版
主 ...
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用于Biopython的A3M/A2M I/O
此包Python名称：A3MIO
目前版本： A3MIO 0.0.1
最后维护时间： ...
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提取密码子对齐
1简介
extract-codon-alignment（https://github.com/linzhi2013/extract_codon_alignment）是一个工具，用于从与 ...
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六吉尔
lc-ms/ms的六框架基因组推断文库
什么是Sixgill？
Sixgill是一个使用鸟枪基因组测序读取的工具
构建“元肽”数据库：短蛋白片段
LC-MS/MS元蛋白质组学数据的数 ...
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bio-eutils是entrez的独立版本
以及medline biopython（http://www.biopython.org）模块。它用于访问
到ncbi e-utilities（http: ...
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生物圈转换
相互转换biopython支持的各种文件格式。
支持使用jmespath查询记录。
安装
pip install biopython.convert
或：
conda instal ...
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#snapgenenefilereader一个读取和写入snapgene*.dna的python项目来自snapgenefilereader的dict`` python导入snapgenefilere ...
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lobio
Biopython厨房水槽实用程序
不变的eqrecord ...
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绘制基因组和其他生物的圆形和线形图的库
顺序。需要Biopython和ReportLab。 ...
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再见，genbank转换SeqFeature序列
从ncbi genbank记录注释到通用和简化格式。genbank功能注释具有
特征键和合理定义的限定符，但非标准和中断的特征类型和限定符通常是
功 ...
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绘图树
plottree
是一个用python编写的命令行工具，基于
matplotlib
和
biopython.phylo ...
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Biopython中未包含或隐藏的其他实用程序和定义
此包Python名称：bioext
目前版本： bioext 0.19.6
最 ...
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读写通用特征格式（gff）与biopython集成。
此包Python名称：bcbio-gff
目前版本： bcbio-gff 0.6.6
...
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