Draw_graviz:缺少Python依赖项

Question

我试图用BioPython和PyGraphviz库中的Phylo.draw_graphviz方法创建一个系统发育树。我阅读了文档并安装了networkx、matplotlib以及{}的windows。然后我从Unofficial Windows Binaries for Python Extension Packages安装了PyGraphviz。我遵循了Biopython wiki中给出的以下代码：

from Bio import Phylo
import pylab

tree = Phylo.read('allseqs.dnd', 'newick')
Phylo.draw_graphviz(tree)
pylab.show()

但是我一直遇到这个错误：

^{pr2}$

源代码是可用的here。我按照回溯的建议检查了155行，它是这样写的：

raise MissingPythonDependencyError( 
                 "Install PyGraphviz or pydot if you want to use draw_graphviz.")

任何解决方案都将不胜感激

Answer 1

从查看该链接上的代码来看，似乎缺少一个关键的行。这应该是from Bio import MissingPythonDependencyError，并且应该在第154行和第155行之间缩进。问题是函数在被调用之前没有被导入，因为只有在缺少networkx模块的情况下，才会在第134行导入它。在