无需锉刀输入，使用肌肉或棍棒进行生物ython校准

Question

实际上，我正在用python3构建一个脚本来计算几个成对序列之间的散度。所以，我需要先在2个蛋白质序列之间做一个比对，然后用2个dna序列进行密码子比对。为了进行我的第一次比对（在两个蛋白序列之间），我实际上使用

alns = pairwise2.align.globalds(prot1 ,prot2, matrix, gap_open, gap_extend)

但我需要一些更为科学的方法，比如棍棒或肌肉算法。问题是我的脚本是按照我要求的4个序列来构建的：2个是dna，2个是氨基酸。在

然后我把我的序列转换成字符串。但是ClustalW和MUSCLE要求提供这些序列的文件。有没有办法给出这样的序列：

^{pr2}$

或者像这样：

clustalw_cline = ClustalwCommandline("clustalw2", prot1, prot2)
instead of that:
clustalw_cline = ClustalwCommandline("clustalw2", infile=in_file)

因为我不想为我的每个序列（大约450个）创建一个未对齐序列的文件。。。在

非常感谢你。在