生物圈能表演吗顺序查找（）解释歧义代码

Question

我希望能够搜索一个Seq对象，寻找一个子部分Seq对象来解释歧义代码。例如，以下情况应是正确的：

from Bio.Seq import Seq
from Bio.Alphabet.IUPAC import IUPACAmbiguousDNA

amb = IUPACAmbiguousDNA()
s1 = Seq("GGAAAAGG", amb)
s2 = Seq("ARAA", amb)     # R = A or G
print s1.find(s2)

如果考虑到模糊代码，答案应该是

^{pr2}$

但我得到的答案是没有找到匹配项，或者

>>> -1

看看biopython的源代码，似乎没有考虑歧义代码，因为subquence使用私有的_get_seq_str_check_alphabet方法转换为字符串，然后使用内置的string方法find（）。当然，如果是这样，“R”歧义代码将被视为字面意思“R”，而不是a或G

我可以用一个自制的方法来实现这一点，但它似乎应该在使用Seq对象的biopython包中得到处理。我在这里遗漏了一些东西。在

有没有一种方法可以搜索子序列成员关系来解释模糊代码？在

Answer 1

从Seq.find的文档中可以看到：

http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.Seq.Seq-class.html#find

这个方法的工作方式似乎与str.find方法相似，因为它寻找的是精确的匹配。因此，虽然dna序列可以包含歧义代码，但是Seq.find()方法只会在精确的子序列匹配时返回匹配。在

要执行您想要的操作，可能ntsearch函数可以工作：

Search for motifs with degenerate positions