用户名 jeremiahsavage
Date joined 最新发布时间： 2024-05-15 01:36:12
代码Tracking
追踪了 4.59K 行代码问题, 提交到 83 个开源模块包中。
简介
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其它
Python包作者jeremiahsavage的GitHub仓库网址
Libraries用户名: Jeremiah H. Savage
所在公司：The University of Chicago
目前所在地：Chicago, IL
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最新Python常见问题
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[ jeremiahsavage ] 共有 43 个PyPI Python项目：
fastqc_tool
调用fastqc工具并在sqlitedb中存储时间/内存度量 项目维护者: jeremiahsavage |
bam_add_eof
如果BAM缺少EOF，则添加它，否则输出原始BAM 项目维护者: jeremiahsavage |
bwa_tool
用bwa将pe-fastq读入到参考基因组 项目维护者: jeremiahsavage |
bamutil_tool
调用bamutil工具并在sqlitedb中存储时间/mem度量 项目维护者: jeremiahsavage |
picard_tool
调用picard工具并在sqlitedb中存储时间/内存度量 项目维护者: jeremiahsavage |
samtools_tool
调用samtools工具并在sqlitedb中存储时间/内存度量 项目维护者: jeremiahsavage |
bwa_se_tool
用bwa将se-fastq读入参考基因组 项目维护者: jeremiahsavage |
decider_bwa_se
匹配readgroup和fastq输出 项目维护者: jeremiahsavage |
remove_qcfailed_mapped
调用remove_qcfailed_mapped并将时间/内存度量存储在sqlitedb中 项目维护者: jeremiahsavage |
queue_status
写入数据库状态 项目维护者: jeremiahsavage |
fastqc_sqlite
在sqlitedb中存储fastqc数据/摘要 项目维护者: jeremiahsavage |
gdc-readgroups
从BAM将每个read group转换为创建GDC读组节点所需的JSON/TSV对象。 项目维护者: jeremiahsavage |
sra_hs_lookup
调用remove_qcfailed_mapped并将时间/内存度量存储在sqlitedb中 项目维护者: jeremiahsavage |
cgquery_xml_to_bamlibrary_capture_json
将cgquery sra xml转换为capture_kits/target_set json 项目维护者: jeremiahsavage |
bwa_pe_tool
用bwa将pe-fastq读入到参考基因组 项目维护者: jeremiahsavage |
biobambam_tool
调用biobambam工具并在sqlitedb中存储时间/内存度量 项目维护者: jeremiahsavage |
decider_bwa_pe
匹配readgroup和fastq输出 项目维护者: jeremiahsavage |
readgroup_platform_insertion
在BAM头的@rgs中插入pl:<value> 项目维护者: jeremiahsavage |
fastq_remove_duplicate_qname
从fastq中删除重复的qname 项目维护者: jeremiahsavage |
remove_duplicate_fastq_matepair
从fastq中删除重复的配对 项目维护者: jeremiahsavage |
cdis_pipe_utils
可重用代码调用管道工具并获取时间/内存度量 项目维护者: jeremiahsavage |
integrity_to_sqlite
将“ls-l”、“md5sum”和“sha256sum”存储到sqlite 项目维护者: jeremiahsavage |
bam-reheader
重新领导BAM以包含gdc@sq info 项目维护者: jeremiahsavage |
bam-readgroup-to-json
将每个readgroup id从bam转换为json文件 项目维护者: jeremiahsavage |
readgroup_json_db
将readgroup数据读取为json并存储在sqlitedb中 项目维护者: jeremiahsavage |
dnaseq_validation
基于fastqc、picard和samtools度量验证dnaseq工作流 项目维护者: jeremiahsavage |
queue_hlatype_status
写入hlatyping数据库状态 项目维护者: jeremiahsavage |
fastq_to_SAM_PU
从fastq记录中提取pu值 项目维护者: jeremiahsavage |
table_string_sqlite_cell
使用值创建单个单元格表 项目维护者: jeremiahsavage |
queue_coclean_status
写入CoClean数据库状态 项目维护者: jeremiahsavage |
